2011-06-26 41 views
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में डेंडरोग्राम ड्रा करें मैंने ग्राफ में क्लस्टरिंग की समस्या को हल करने के लिए एक एल्गोरिदम लागू किया है। मैंने ग्राफ़ का प्रतिनिधित्व करने के लिए पायथन लाइब्रेरी "पायथन-ग्राफ" का उपयोग किया। अब, मेरे गणना के प्रत्येक चरण में (एल्गोरिदम पुनरावृत्त है) मुझे डेंडरोग्राम का एक हिस्सा आकर्षित करना है। वास्तव में, एल्गोरिदम विभाजक है, इस अर्थ में कि मूल ग्राफ से शुरू करने से क्लस्टर की गणना होती है। अब, मुझे नहीं पता कि डेंडरोग्राम को आकर्षित करने के लिए क्या उपयोग करना है (किसी ने पीआईएल का सुझाव दिया है, लेकिन मैं कुछ आसान ढूंढ रहा हूं और मुझे नहीं पता कि पीआईएल का उपयोग कैसे करें) ... क्या आप कुछ सुझाव दे सकते हैं और मुझे दिखा सकते हैं कि कैसे इसके साथ साजिश करो?पाइथन मैन्युअल रूप से

नोट: मैंने अन्य प्रश्न पढ़े लेकिन सबकुछ उन तरीकों का उपयोग करने लगता है जो क्लस्टर की स्वत: गणना का उपयोग करते हैं ... यह वही नहीं है जो मैं ढूंढ रहा हूं: मुझे डेंडरोग्राम मैन्युअल रूप से आकर्षित करने की आवश्यकता है या कम से कम एक रास्ता ढूंढना है खींचे जाने के लिए गणना क्लस्टर का प्रतिनिधित्व करें।

धन्यवाद!

उत्तर

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scipy dendrogram लागू करने के लिए कोड here पाया जा सकता है और यह सरल implementation आपको आगे बढ़ने में मदद करेगा।

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पर कुछ उदाहरण यह एक कठिन एक रास्ता खोजने के लिए है, यह कोड का एक बहुत कुछ को देखने के लिए और मैं अभी भी समझ नहीं सकता है, जबकि यह पैदा कैसे dendrogram आकर्षित करने के लिए है ... यह नहीं है अंतिम परिणाम जानने के बिना छवि आकार को परिभाषित करना आसान है। मुझे लगता है कि पेड़ बनाने के लिए एक बेहतर समाधान है, इसे किसी तरह से प्रस्तुत करें और इसे साजिश करने के लिए एक फ़ंक्शन ढूंढना। यहां देखें: http://stackoverflow.com/questions/5957625/how-can-i-create-a-dendrogram-in-r-using-pre-clustered-data-created- कहीं और – Raffo

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@ रैफो: क्या आपने विस्तृत जांच की तरीका https://gist.github.com/846567? आईएमएचओ यह बहुत आसान है और आपको वास्तव में उस चीज़ से निकालने में सक्षम होना चाहिए जो आपको वास्तव में चाहिए। धन्यवाद – eat

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मुझे कोड में थोड़ी सी खुदाई करनी है, मैंने इसे ध्यान से नहीं देखा .. मैंने देखा कि लगभग कोई टिप्पणी नहीं है .. – Raffo

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शायद एक अन्य समाधान यह एक हो सकता है: http://ete.cgenomics.org/ मैं तुम्हें शुरू करने के लिए मुख्य सहायता पीडीएफ अनुशंसा करते हैं: http://ete.cgenomics.org/releases/ete2/doc/ete_tutorial.pdf

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यह एक बहुत ही शक्तिशाली लाइब्रेरी प्रतीत होता है, धन्यवाद। – Raffo

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ETE अजगर टूलकिट आप पेड़ ड्राइंग के लिए संभावनाओं का एक बहुत देता है। ड्राइंग इंजन प्रोग्रामेटिक पेड़ प्रतिपादन के लिए अनुमति देता है। पेड़ पीएनजी या एसवीजी छवियों के रूप में प्लॉट किया जा सकता है। डेंड्रोग्राम को आयताकार या परिपत्र ट्रेस के रूप में दर्शाया जा सकता है।

हालांकि ईटीई आमतौर पर फाईलोजेनेटिक पेड़ से निपटने के लिए उपयोग किया जाता है, यह कई विशेष पूर्वनिर्धारित विज़ुअलाइजेशन मोड के साथ क्लस्टरिंग मॉड्यूल भी प्रदान करता है।

चेक http://packages.python.org/ete2/tutorial/tutorial_drawing.html

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