perl 6

Question

का उपयोग करके डीएनए न्यूक्लियोटाइड की गणना करना अच्छा दोपहर, मैं perl6.i का उपयोग करते हुए डीएनए अनुक्रम में अक्षरों की संख्या सी गणना करने की कोशिश कर रहा हूं। मैंने अन्य तरीकों की कोशिश की है, मैं केवल इसे किसी अन्य तरीके से करने की कोशिश कर रहा हूं। यहाँ कोड के कुछ मैं

use v6; 

my $default-input = "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC"; 

sub MAIN(Str $input = $default-input) 
{ 
    say "{bag($input.comb)<A C G T>}"; 
} 



use v6; 

my $default-input = "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC"; 

sub MAIN($input = $default-input) 
{ 
    "{<A C G T>.map({ +$input.comb(/$_/) })}".say; 

नमूना डेटासेट
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC

Answer 1

multi sub MAIN (\DNA) { 
    my Int %bag = A => 0, C => 0, G => 0, T => 0; 

    # doesn't keep the whole thing in memory 
    # like .comb.Bag would have 
    for DNA.comb { 
    %bag{$_}++ 
    } 
    .say for %bag<A C G T> :p; 
} 

multi sub MAIN ('example'){ 
    samewith "AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC" 
} 

multi sub MAIN (Bool :STDIN($)!){ 
    samewith $*IN 
} 

multi sub MAIN (Str :filename(:$file)! where .IO.f){ 
    samewith $file.IO 
} 

~$ ./test.p6 
Usage: 
    ./test.p6 <DNA> 
    ./test.p6 example 
    ./test.p6 --STDIN 
    ./test.p6 --filename|--file=<Str> 

~$ ./test.p6 example 
A => 20 
C => 12 
G => 17 
T => 21 

~$ ./test.p6 --STDIN < test.in 
A => 20 
C => 12 
G => 17 
T => 21 

~$ ./test.p6 --file=test.in 
A => 20 
C => 12 
G => 17 
T => 21 

Answer 2

एक और तरीका है BioInfo modules I'm working on जो आप के लिए पहले से ही बैग करने के लिए एक बलात्कार है उपयोग करने के लिए है के साथ आया हैं :)

use v6; 
use BioInfo; 

my @sequences = ` 
>seqid 
AGCTTTTCATTCTGACTGCAACGGGCAATATGTCTCTGTGTGGATTAAAAAAAGAGTGTCTGATAGCAGC 
`; 

for @sequences -> $seq { 
    say $seq.Bag; 
} 

उपर्युक्त कोड में आप एक विशेष बायोइनफॉरमैटिक्स स्लैंग आयात कर रहे हैं जो समझता है कि `` फास्टा अक्षर के बीच स्ट्रिंग अक्षर हैं। डीएनए/आरएनए/एमिनो-एसिड स्वचालित रूप से पहचाने जाते हैं और इसके लिए आपको एक विशिष्ट कक्षा मिलती है। ऑब्जेक्ट का अपना है .बैग जो आप चाहते हैं वह करता है। मेरे अपने मॉड्यूल के अलावा बायोपेर 6 परियोजना भी है।

आप फ़ाइल से पढ़ने का फिर निम्न आप के लिए काम करना चाहिए चाहते हैं:

use v6; 
use BioInfo::Parser::FASTA; 
use BioInfo::IO::FileParser; 

#Spawn an IO thread that parses the file and creates BioInfo::Seq objects on .get 
my $seq_file = BioInfo::IO::FileParser.new(file => 'myseqs.fa', parser => BioInfo::Parser::FASTA); 

#Print the residue counts per file 
while my $seq = $seq_file.get() { 
    say $seq.Bag; 
}