क्या वेबसाइट के सामने वाले अंत के साथ एक सामान्य डीएनए अनुक्रम डेटाबेस बनाने के लिए कोई मौजूदा समाधान है?

Question

मैं प्रयोगशाला में काम करने के लिए वेब फ्रंट एंड के साथ एक आरआरएनए अनुक्रम डेटाबेस बनाना चाहता हूं। यह जीवविज्ञान में सामान्य लगता है कि ब्लास्ट और एचएमएमईआर जैसे संरेखण एल्गोरिदम का उपयोग करके बड़ी संख्या में अनुक्रमों को खोजना चाहते हैं, इसलिए मैंने सोचा यदि कोई मौजूदा PHP/पायथन/रेल परियोजनाएं हैं जो किसी वेबसाइट खोज फ़ॉर्म के साथ सामान्य अनुक्रम डेटाबेस के आसान निर्माण की अनुमति देती हैं?

अद्यतन: GMOD वह सर्वर है जिसका मैं खोज रहा था। मुझे BioMart पर भी देखने का सुझाव दिया गया था, जो एक समान कार्यक्षमता दिखता है।

Answer 1

कुछ कम नंगे हड्डियां http://gmod.org/ है - सबसे सरल स्थापना आपको एक विस्फोट फ़ॉर्म & "अनुक्रम ब्राउज़र" इंटरफ़ेस देना चाहिए। अगर

(तराजू बहुत अच्छी तरह से - एक सरल SQLite से कोई वास्तविक डेटाबेस के लिए) एक hmmer प्रपत्र अभी तक ... theres पता नहीं है

वैकल्पिक रूप से, आप आकाशगंगा सर्वर पर गौर कर सकते हैं।http://main.g2.bx.psu.edu/
यह पहली उद्देश्य है जटिल जीनोमिक प्रश्नों गैर कम्प्यूटेशनल लोगों के लिए आसान बना रही है लेकिन अगर यह

चियर्स, यानिक

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अद्यतन बॉक्स से बाहर एक विस्फोट है मुझे पता है न - में प्रेरित होकर इस पोस्ट का हिस्सा, हम simple local blast server को alternative to wwwblast पर आसानी से तैनात कर रहे हैं। कार्य प्रगति पर http://www.sequenceserver.com पर है। एक डेमो सर्वर आपको BLAST ant genomes देता है।

Answer 2

यह भाषा की बात कर रहे दोनों में से किसी को नहीं है, लेकिन BioPERL, जो कार्यों विशेष रूप से डीएनए और आरएनए और अन्य एसिड और प्रोटीन आधार 'प्रोग्रामिंग' CPAN में इसके लिए

देखो के लिए बनाया का एक संग्रह है है .org

Answer 3

इस बारे में कोई जानकारी नहीं है कि जानकारी किस प्रारूप में संग्रहीत की जाएगी, या डीएनए अनुक्रम कैसे प्रदर्शित होते हैं (क्या यह केवल एक लंबी स्ट्रिंग है?), आप बस प्रत्येक डीएनए अनुक्रम को सम्मिलित करने में सक्षम हो सकते हैं MySQL डेटाबेस और उसके बाद एक साधारण क्वेरी निष्पादित करना:

SELECT * FROM `dna_table` WHERE `sequence` = $sequence; 

सुनिश्चित करें कि आप एक एस्केप स्ट्रिंग या पैरामीटरयुक्त क्वेरी (एसक्यूएल इंजेक्शन को रोकने के लिए) का उपयोग करते हैं, लेकिन इसके अलावा, यह वास्तव में सरल डीबी प्रोग्राम की तरह लगता है जो कोड की लगभग 100 लाइनों से अधिक नहीं होनी चाहिए।

Answer 4

यह शायद अधिक होगा लेकिन .... एनसीबीआई में बहुत सारे सॉफ्टवेयर उपलब्ध हैं। Link।

विशेष रूप से, this।

Answer 5

मैं दृढ़ता से जैव सूचना विज्ञान समुदाय से संपर्क करने का सुझाव देता हूं। सबसे महत्वपूर्ण बात डेटाबेस को डिजाइन करना और इसका उद्देश्य तय करना है। आप शीर्षक में डीएनए का उल्लेख करते हैं लेकिन पाठ में आरआरएनए - ये पूरी तरह से अलग चीजें हैं। यदि यह केवल एक टाइपो है, ठीक है - लेकिन यदि आप अंतर को समझ नहीं पाते हैं तो समुदाय में लोगों के साथ बात करें।

चूंकि मैं समुदाय में शामिल हूं, इसलिए आप MyExperiment समुदाय (http://en.wikipedia.org/wiki/MyExperiment) से संपर्क करना चाहेंगे और यदि आपको आवश्यकता हो तो मेरा नाम उल्लेख करें। आपको बहुत से दोस्ताना लोग मिलेंगे और मदद मिलेगी।

अद्यतन मैंने अभी देखा है कि आप मैनचेस्टर से हैं और यह MyExperiment का केंद्र है, इसलिए यह वास्तव में शुरू करने के लिए स्पष्ट जगह है!

Answer 6

मैं सहमत हूं: आपको अपना प्रश्न bbb@bioinformatics.org या बायोपरल मेलिंग सूची में पोस्ट करना चाहिए।

प्रश्न "वेबसाइट खोज फ़ॉर्म के साथ एक सामान्य अनुक्रम डेटाबेस का आसान निर्माण" बहुत सामान्य लगता है। एक अनुक्रम डेटाबेस (आईडी, अनुक्रम) की एक सूची है और स्वयं को किसी भी उपकरण समर्थन की आवश्यकता नहीं है। कम से कम मुझे कोई कारण नहीं दिख रहा है कि आपको इसके लिए एक उपकरण की आवश्यकता क्यों होगी।

मुझे लगता है कि आपका प्रश्न है: क्या कोई ब्लॉस्ट क्लाइंट वेबफॉर्म के रूप में है जिसे कोई स्थानीय रूप से इंस्टॉल कर सकता है? कुछ हैं: योजना एक कोशिश के लायक हो सकता है हालांकि मैं इसे कभी नहीं चला था। बायोपेरल में स्टैंडअलोन ब्लास्ट निष्पादन (http://doc.bioperl.org/releases/bioperl-1.0/Bio/Tools/Run/StandAloneBlast.html) के लिए ऑब्जेक्ट्स हैं और परिणाम ग्राफिक रूप से प्रदर्शित कर सकते हैं। डेबियन/उबंटू मेड में एनसीबीआई-टूल्स-बिन और एनसीबीआई-आरआरएनए-डेटा है जो कुछ सेकंड में आवश्यक टूल और डेटाबेस स्थापित करते हैं।

उपकरण समर्थन पर विचार करने के बजाय मैं एक 10 लाइन सीजीआई स्क्रिप्ट को एक साथ जोड़ता हूं जो आपके पास फास्ट फाइलों पर एक इनपुट अनुक्रम के साथ विस्फोट निष्पादित करता है और फिर देखता है कि उपयोगकर्ता पहले से ही खुश नहीं हैं या नहीं।

प्रोग्रामिंग भाषा के बारे में चिंतित: यदि आप चाहें, तो आप इसे खोल स्क्रिप्ट (*) के साथ कर सकते हैं। यह आपको स्टैक ओवरफ्लो पर पोस्टिंग से भी कम समय ले सकता है ... ;-)

(*) कंप्यूटर विज्ञान के सहानुभूति के लिए ध्यान दें: यह जीवविज्ञानी के लिए एक आंतरिक अनुप्रयोग होने वाला है जो किसी के बीच का अंतर नहीं जानता ऑपरेटिंग सिस्टम और ऑपरेटर ओवरलोडिंग, इसलिए एसक्यूएल इंजेक्शन बहुत ही असंभव हैं ...

मुझे लगता है कि यह एक ऐसा उदाहरण है जहां समयपूर्व अनुकूलन पर्याप्त बुरा है, इस अर्थ में कि आप एक प्रणाली को बहुत जटिल बनाने के लिए बहुत समय निकाल सकते हैं एक साधारण काम फुर्तीली प्रोग्रामिंग की भावना में, यदि आपको सॉफ़्टवेयर इंजीनियरिंग buzzwords पसंद है, तो आप आसानी से कुछ एक साथ हैक कर सकते हैं और फिर आर्किटेक्चर के बारे में सोचने से पहले अपने उपयोगकर्ताओं पर आज़मा सकते हैं।

Answer 7

जीएमओडी के बारे में: मुझे अपेक्षा है कि जीएमओडी आपके आवेदन के लिए पूर्ण ओवरकिल है। जीएमओडी एक सर्वर नहीं है, यह उपकरण का संग्रह है, डेटाबेस स्कीमा (चाडो) उनमें से एक है, और चाडो वास्तव में किसी ऐसे व्यक्ति के लिए नहीं है जिसकी अधिकतर अनुक्रम और आईडी हों। बायोमार्ट या तो सर्वर नहीं है, यह एक ऐसा टूल है जो मॉडल डेटाबेस के डी-सामान्यीकरण की अनुमति देता है, ताकि पूरे जीनोम प्रश्नों को तेज़ी से चलाने में सक्षम हो सके। बायोमार्ट क्लाइंट्स (मार्टव्यू) में से एक वेब इंटरफ़ेस के रूप में आता है। आप निश्चित रूप से इस समय बायोमार्ट का उपयोग नहीं करना चाहते हैं, लेकिन मैं इसे ईमेल द्वारा विस्तार से समझा सकता हूं। मुझे लगता है कि आपको पहले शुरू करने के लिए वेब-आधारित ब्लस्ट क्लाइंट की आवश्यकता है।

Answer 8

गैलेक्सी: गैलेक्सी डेटाबेस नहीं है, यह विभिन्न जीनोमों से (ज्यादातर डीएनए) अनुक्रमों के साथ काम करने के लिए उपकरण वाली वेबसाइट है। गैलेक्सी यूसीएससी जीनोम ब्राउजर अनुक्रम, टूल्स और फाइलफॉर्मैट्स से कसकर जुड़ा हुआ है। तो यदि आप पूरी तरह से नए अनुक्रमों का डेटाबेस बनाना चाहते हैं, तो आकाशगंगा आपके लिए नहीं है। इसमें किसी भी ब्लास्ट सर्वर शामिल नहीं हैं। यदि आप अनुक्रमों का डेटाबेस बनाना चाहते हैं, तो जीएमओडी के हिस्से के रूप में CHADO करीब आता है, लेकिन मैं शुरू करने के लिए एक टेक्स्ट फ़ाइल का उपयोग शुरू करना चाहता हूं, ऊपर मेरी पोस्ट देखें।

Answer 9

एनसीबीआई ब्लास्ट पैकेज के साथ भी एक सरल सीजीआई फ्रंट एंड वितरित किया गया है। आप अपने FTP साइट है, जो यहाँ है से डाउनलोड कर सकते:

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/

Answer 10

शायद तुम Plone4Bio देख सकते हैं।

प्लोन एक विस्तृत सामग्री प्रबंधन इंजन है जो कई फीचर्स और उपयोग करने में आसान अनुप्रयोगों के साथ पाइथन में लिखा गया है, ताकि आप मंचों, समाचारों के उत्पादों, आदि जैसे मॉड्यूल के संग्रह का उपयोग करके अपनी वेबसाइट बना सकें ... (मुझे पता है कि आप इसे पहले ही जानते हैं लेकिन यह सिर्फ कुछ पृष्ठभूमि देने के लिए है)।

Plone4Bio का लक्ष्य जैव सूचना विज्ञान के लिए कुछ प्लोन अनुप्रयोग प्रदान करना है ... मुझे नहीं पता कि परियोजना कितनी उन्नत है और मैंने अभी तक इसका उपयोग नहीं किया है, लेकिन ऐसा लगता है कि कम से कम आपके पास अनुक्रम वस्तु है और कुछ इसे देखने के लिए ऐप्स, और शायद कुछ अनुप्रयोगों को खोजने के लिए। (पीएस वे इसे यूनिप्रोट पर उपयोग करते हैं - किसी भी झिल्ली प्रोटीन के लिए 'थर्ड पार्टी डेटा' अनुभाग देखें)

मुझे बायोइनफॉरमैटिक्स के उद्देश्य से किसी भी अन्य सीएमएस ऐप्स के बारे में पता नहीं है, लेकिन शायद आप आसानी से डीजेंगो के साथ कुछ भी कार्यान्वित कर सकते हैं बहुत अधिक प्रयास किए बिना।