rpy2

Question

द्वारा उपयोग की जाने वाली क्लियरिंग मेमोरी मैं आरपीआई के माध्यम से ऑब्जेक्ट्स (और वे जिस स्मृति पर कब्जा कर लेते हैं) को कैसे साफ़ कर सकता हूं?

वस्तु ही है, उपलब्ध रहता है और:

import rpy2.robjects as r 
a = r.r('a = matrix(NA, 2000000, 50)') 
del a #if I do this, there is no change in the amount of memory used 
r.r('rm(list=(ls(all=TRUE)))') # Same here, the objects disappear, but the memory is still used 

दुर्भाग्यपूर्ण प्रभाव rpy2 docs से अपने आवेदन में, स्मृति उपयोग बढ़ जाती है जब तक वहाँ नहीं पर्याप्त है और फिर इसे दुर्घटनाओं ... आर के कचरा संग्रह से संरक्षित जब तक foo अजगर

से हटा दिया जाता लेकिन फिर भी कर रही है:

import rpy2.robjects as r 
a = r.r('a = matrix(NA, 2000000, 50)') 
r.r.rm('a') 
del a 
r.r.gc() 

स्मृति का उपयोग किया ...

संपादित करें मुक्त नहीं करता है: rpy2 2.0, विन XP, आर 2.12.0

Answer 1

वहाँ एक paragraph in the rpy docs इशारा आप अजगर कचरा चलाने के लिए आवश्यकता हो सकती है कि है कलेक्टर अक्सर जब हटाने या बड़ी वस्तुओं को अधिलेखित:

आर वस्तुओं, आर स्मृति स्थान में रहते हैं उनके आकार अजगर के नाम एक अज्ञात और क्योंकि इस बात का यह अजगर हमेशा कचरा अक्सर पर्याप्त इकट्ठा करता है कि जब बड़ी वस्तुओं involv रहे हैं लगता है ईडी। कभी-कभी लूप में बड़े ऑब्जेक्ट्स ओवरराइट किए जाने पर यह क्षणिक वृद्धि में वृद्धि का कारण बनता है, और हालांकि सिस्टम की मेमोरी सीमा तक पहुंचने से कचरा संग्रह ट्रिगर होता है, कोई भी संग्रह को स्पष्ट रूप से ट्रिगर करना चाहता है।

मैं सिर्फ इसे हटाने और आर के आंतरिक gc() समारोह चलाने के बाद तुरंत मैट्रिक्स बनाने के बाद gc.collect() चलाकर कि बड़े मैट्रिक्स मुक्त करने के लिए rpy2 मजबूर करने के लिए सक्षम था, और फिर से। नींद के साथ लूप में इसे चलाना - मेमोरी उपयोग में वृद्धि/कमी देखने के लिए top का उपयोग करें।

उबंटू 10.0.4 पर पायथन 2.6 के तहत चल रहा है जिसमें पाइथन-रपी संस्करण 2.0.8 आर संस्करण 2.10.1 से जुड़ा हुआ है। उम्मीद है कि इससे आपको कुछ प्रगति करने में मदद मिलेगी:

import gc 
import time 

import rpy2.robjects as R 

for i in range(5): 
    print 'pass %d' % i 
    R.r('a = matrix(NA, 1000000, 50)') 
    gc.collect() 
    R.r('rm(a)') 
    R.r('gc()') 
    gc.collect() 

    print 'sleeping..' 
    time.sleep(5)