मैं कैसे निर्धारित कर सकता हूं कि मेरी आर इंस्टॉल किस मैट्रिक्स लाइब्रेरी का उपयोग कर रही है?

Question

मेरे विश्वविद्यालय में कंप्यूटर क्लस्टर का उपयोग करते समय मुझे मैट्रिक्स त्रुटि हो रही है कि मैं अपनी स्थानीय मशीन पर पुन: उत्पन्न नहीं कर सकता। मुझे लगता है कि यह मैट्रिक्स पुस्तकालयों (बीएलएएस, लैपैक, एटलस इत्यादि) के अंतर के कारण हो सकता है। मुझे here पढ़ने के अलावा इन पुस्तकालयों के बारे में बहुत कुछ पता नहीं है, लेकिन मुझे लगता है कि आर को यह बताने का एक तरीका होना चाहिए कि मुझे कौन सा मैट्रिक्स पुस्तकालय स्थापित किया गया था (यानी इसका उपयोग कर रहा है), समान sessionInfo() से मुझे यह बताने के लिए कि आर पैकेज का कौन सा संस्करण इसका उपयोग कर रहा है।

Answer 1

हालांकि इस के लिए एक स्पष्ट आर समारोह नहीं हो सकता है, शायद आप खोल आदेशों को भुनाने कर सकते हैं (उदाहरण के लिए , file और ldd) क्लस्टर पर पुनर्निर्माण आर और न ही रूट पहुँच की आवश्यकता के बिना कुछ सुराग पाने के लिए:

(rpath <- Sys.which("R")) 
#   R 
# "/usr/bin/R" 

सुनिश्चित करें कि ldd काम करेंगे बनाने के लिए, देखें कि यह है किस प्रकार की फ़ाइल:

system2("file", rpath) 
# /usr/bin/R: Bourne-Again shell script, ASCII text executable 

यदि आपका वास्तविक निष्पादन योग्य (जैसे ELF 64-bit LSB executable, x86-64, ...) दिखाता है, तो इस चरण को छोड़ दें।

script <- readLines(rpath) 
script[grepl("/bin/", script)] 
# [1] "#!/bin/bash" 
# [2] "  if [ -x \"/usr/${libnn}/R/bin/exec/R\" ]; then" 
# [3] "  elif [ -x \"/usr/${libnn_fallback}/R/bin/exec/R\" ]; then" 
# [4] "## some systems have a more portable sed, e.g. /usr/xpg4/bin/sed on Solaris," 
# [5] "SED=/bin/sed" 
# [6] "  exec sh \"${R_HOME}/bin/Rcmd\" \"${@}\" ;;" 
# [7] "R_binary=\"${R_HOME}/bin/exec${R_ARCH}/R\"" 

यह मुझसे कहता है कि वास्तविक निष्पादन /usr/lib/R/bin/exec/R (या /usr/lib64/...) है। यह कुछ अनुमान ले रहा है, लेकिन यह एक कदम है। यह मेरे लिए उबंटू पर आर-3.3.2 के साथ काम कर रहा है, इसलिए मैं केवल यह मान सकता हूं कि यह विभिन्न ओएस पर समान होगा। यदि यह अनौपचारिक है, तो आप "/lib" या "/exec" (या अन्य सुरागों के लिए पूरी स्क्रिप्ट फ़ाइल की जांच करें) के लिए grep भी कर सकते हैं।

एक बार जब आप पथ स्क्रिप्ट के द्वारा कहा जाता है पता है (या अगर यह एक स्क्रिप्ट के साथ शुरू करने के लिए नहीं है), साझा पुस्तकालय निर्भरता पाते हैं:

system2("ldd", "/usr/lib/R/bin/exec/R") 
#   linux-vdso.so.1 => (0x00007ffcfadcd000) 
#   libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so (0x00007f746f615000) 
#   libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f746f3eb000) 
#   libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f746f025000) 
#   libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3 (0x00007f746eda8000) 
#   libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f746eaa2000) 
#   libreadline.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 (0x00007f746e85b000) 
#   libpcre.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3 (0x00007f746e61d000) 
#   liblzma.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/liblzma.so.5 (0x00007f746e3fb000) 
#   libbz2.so.1.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libbz2.so.1.0 (0x00007f746e1ea000) 
#   libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f746dfd1000) 
#   librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f746ddc9000) 
#   libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f746dbc4000) 
#   libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f746d9b5000) 
#   /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000560abd5fa000) 
#   libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007f746d78b000) 

इस उत्पादन की 5 वीं पंक्ति से पता चलता है R है कि बीएलएएस लाइब्रेरी का उपयोग करके, विशेष रूप से libblas3।

Answer 2

पर्याप्त googling ?: http://www.stat.cmu.edu/~nmv/2013/07/09/for-faster-r-use-openblas-instead-better-than-atlas-trivial-to-switch-to-on-ubuntu/

Answer 3

का एक सा है जहां तक ​​मेरा जानकारी है वहाँ एक विशेष समारोह (विशेष रूप से नहीं आधार आर में) आप BLAS संस्करण दे देंगे नहीं है। आर आपके सिस्टम के साथ आने वाली मानक लाइब्रेरी का अधिकतर उपयोग करेगा (जब तक कि किसी ने इसे किसी विशिष्ट बीएलएएस संस्करण के साथ स्रोत से बनाया न हो)।

आप टर्मिनल से यह करने के लिए होगा, प्रकार

locate libblas.so 

यह शायद /usr/lib/libblas.so या /usr/lib64/libblas.so में होने जा रहा है, और शायद एक स्थान सिमलिंक है। तो लिंक

ls -l /usr/lib/libblas.so 

का पालन करें आप एक अलग BLAS पुस्तकालय को इंगित करने के सांकेतिक लिंक को बदलने के लिए चाहते हैं, आप update-alternatives --config libblas.so.3gf करते हैं और संस्करण आप उपयोग करना चाहते चुन सकते हैं। यह पोस्ट इसे अधिक विस्तार से बताता है: https://www.r-bloggers.com/for-faster-r-use-openblas-instead-better-than-atlas-trivial-to-switch-to-on-ubuntu/

निश्चित रूप से यह जानने का एक और तरीका है कि आप किस संस्करण का उपयोग कर रहे हैं, जो आप चाहते हैं कि बीएलएएस के कार्यान्वयन को स्थापित करना होगा - उदाहरण के लिए ओपनबीएलएस, और फिर मानक आर बीएलएएस लाइब्रेरी को प्रतिस्थापित करें आपकी नई पुस्तकालय के लिए एक सिम्लिंक। के रूप में यहां से समझाया गया --with-shared-blas विकल्प के साथ आर स्थापित करने के लिए सुनिश्चित करें,: https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#BLAS तो फिर तुम सिर्फ जरूरत के लिए:

# navigate to your R directory 
cd …/path-to-R-installation/lib/R/lib 
# backup the original 
mv libRblas.so libRblas.backup 
# create simlink 
ln –s …/path-to-new-0blas-library/new-lib.so libRblas.so