एक आर स्क्रिप्ट

Question

से एक बैश स्क्रिप्ट चलाएं तो मेरे पास यह प्रोग्राम सैमटोल्स है जिसे मैं cmd ​​लाइन से उपयोग करना चाहता हूं, एक फ़ाइल को दूसरे में परिवर्तित करना चाहता हूं। यह इस तरह काम करता है:

bash-4.2$ samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta 

जैसा कि मैं इसे स्वचालित करना चाहता हूं, मैं इसे आर स्क्रिप्ट का उपयोग करके स्वचालित करना चाहता हूं। मैं आपको एक ओएस आदेश को चलाने के लिए प्रणाली() का उपयोग कर सकते पता है, लेकिन मैं इसे

system(samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta) 

कोशिश कर रहा द्वारा काम करने के लिए नहीं मिल सकता है यह regexes का उपयोग कर तो अल्पविराम nd तर्क रिक्त स्थान और सामान से छुटकारा पाने के का मामला है सिस्टम (कमांड) पठनीय है? मैं यह कैसे करु?

संपादित करें:

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > first_batch_1.fasta") Error: unexpected input in "system("samtools view filename.bam | awk '{OFS="\"

EDIT2:

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\t\"; print \">\"$1\"\n\"$10}' - > filename.fasta")

awk: cmd. line:1: {OFS=" "; print ">"$1" 
awk: cmd. line:1:      ^unterminated string 
awk: cmd. line:1: {OFS=" "; print ">"$1" 
awk: cmd. line:1:      ^syntax error 
> 

EDIT3: और विजेता है:

system("samtools view filename.bam | awk '{OFS=\"\\t\"; print \">\"$1\"\\n\"$10}' -> filename.fasta") 

Answer 1

रास्ता डिबग करने के लिए यह करने के लिए cat उपयोग करने के लिए है परीक्षा चाहे आपकी वर्ण स्ट्रिंग ठीक से बच गई हो। तो:

1. अपने स्ट्रिंग
2. ध्यान से सभी विशेष वर्ण से बचें के साथ एक वस्तु x बनाएं, इस मामले उद्धरण और बैकस्लैश
3. उपयोग cat(x) में जिसके परिणामस्वरूप स्ट्रिंग का निरीक्षण करने के।

उदाहरण के लिए:

x <- 'samtools view filename.bam | awk \'{OFS="\\t"; print ">"$1"\\n"$10}\' - > filename.fasta' 

cat(x) 
samtools view filename.bam | awk '{OFS="\t"; print ">"$1"\n"$10}' - > filename.fasta 

यह सही स्ट्रिंग देता है, तो आप()

system(x)