2014-06-11 15 views
5

के पूर्वावलोकन रिलीज में एचटीएमएल बुनाई में समस्याएं मैंने संबंधित प्रश्न here, here और here से पूछा है।RStudio

लक्ष्य

मैं एक लंबे RMD फ़ाइल (आर परियोजना में बचाया) जो मैं एचटीएमएल के लिए बुनी करना चाहते हैं और पीडीएफ सामग्री तालिका के साथ की है।

समस्या पृष्ठभूमि

मैं RStudio 0.98.501 पहले से उपयोग कर रहा था। सेटिंग्स थे:

  1. बाहरी चित्रों
  2. cache=TRUE वैश्विक हिस्सा विकल्पों में करने के लिए पूर्ण पथ दस्तावेज़ के शीर्ष पर की सामग्रियों (TOCs) आदेश नहीं तालिका

जब मैं knitHtml क्लिक किया बटन पहली बार ने नए फ़ोल्डर्स बनाए: figures, cache, knitHTML, आदि कोई समस्या नहीं थी, सब ठीक काम किया। लेकिन फिर मैंने टीओसी जोड़ने का फैसला किया। Output Options अनुभाग Rmarkdown Version 2 page पर अनुभाग का उपयोग करके, मैंने शीर्ष पर टोक कमांड जोड़ा, knitHtml बटन पर क्लिक किया लेकिन बिना किसी टीओसी के पहले जैसा ही आउटपुट मिला। तो, मैंने RStudio पूर्वावलोकन रिलीज में अपग्रेड करने का निर्णय लिया।

समस्या

की वर्तमान स्थिति पूर्वावलोकन रिलीज करने के लिए अद्यतन करने के बाद, मैं इस परियोजना खोला और knitHtml बटन क्लिक किया। इसने त्रुटि दी कि बाहरी छवियों में से एक नहीं मिला था। तो, Yihui झी की सलाह पर मैं निम्नलिखित किया:

  • फ़ोल्डर है जहाँ RMD फ़ाइल था करने के लिए पिछले knittings दौरान सभी बाहरी छवियों और भूखंडों आर द्वारा बनाई गई कॉपी किया गया। यह प्रोजेक्ट निर्देशिका में knitHtml फ़ोल्डर था।
  • वैश्विक हिस्सा विकल्पों

में सभी बाहरी चित्रों

  • cache=TRUE के सापेक्ष पथ तब मैं knitHTML बटन क्लिक किया और निम्न त्रुटि मिला:

    output file: Trajectory1-new.knit.md 
    "C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" Trajectory1-new.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output Trajectory1-new.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --template C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\default.html --variable theme:united --include-in-header C:\Users\durraniu\AppData\Local\Temp\Rtmp0OFfmZ\rmarkdown-str10186bd23276.html --mathjax --variable mathjax-url:https://c328740.ssl.cf1.rackcdn.com/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML --no-highlight --variable highlightjs=C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\highlight 
    pandoc.exe: Could not find data file ./Trajectory1-new_files/figure-html/pdf_velocity.png 
    Error: pandoc document conversion failed with error 97 
    In addition: Warning messages: 
    1: In if (grepl(" ", path, fixed = TRUE)) path <- utils::shortPathName(path) : 
        the condition has length > 1 and only the first element will be used 
    2: running command '"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" Trajectory1-new.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash-implicit_figures --output Trajectory1-new.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 3 --template C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\default.html --variable theme:united --include-in-header C:\Users\durraniu\AppData\Local\Temp\Rtmp0OFfmZ\rmarkdown-str10186bd23276.html --mathjax --variable mathjax-url:https://c328740.ssl.cf1.rackcdn.com/mathjax/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML --no-highlight --variable highlightjs=C:\Users\durraniu\Documents\R\win-library\3.0\rmarkdown\rmd\h\highlight' had status 97 
    Execution halted 
    

    तो, मैं knit PDF की कोशिश की और यह काम किया। आउटपुट की अपेक्षा की गई थी। फिर मैं वैश्विक खंड विकल्पों में cache=FALSE में बदल गया और knit HTML पर क्लिक किया। इसमें काफी समय लगा (मेरी फाइल में बहुत सारे विश्लेषण हैं) और आउटपुट के रूप में टीओसी के साथ एचटीएमएल फाइल दी, जो मुझे चाहिए।

    मेरा सवाल है, मुझे cache=FALSE को HTML बनाने के लिए क्यों रखना है जब cache=TRUE RStudio पूर्वावलोकन रिलीज़ में पीडीएफ के लिए काम करता है? मैं केवल एक ही अनुभाग जोड़ने के बाद आउटपुट देखने के लिए हर बार 15-20 मिनट तक इंतजार नहीं कर सकता। मैं इसे कैसे हल करूं?

    संपादित

    के बाद सामने बात है:

    --- 
    title: "Sample Document" 
    output: 
        html_document: 
        theme: united 
        toc: yes 
    --- 
    
    Trajectory: 7:50 am - 8:05 am (t1) 
    ======================================================== 
    ```{r setup} 
    # set global chunk options: 
    library(knitr) 
    opts_chunk$set(cache=TRUE, fig.align='center') 
    ``` 
    ```{r alllibraries, echo=FALSE} 
    library(ggplot2) 
    library(plyr) 
    library(data.table) 
    library(parallel) 
    library(xtable) 
    library(ggthemes) 
    suppressPackageStartupMessages(library(googleVis)) 
    my.theme<-function(base_size = 12, base_family = "Trebuchet MS") 
    {theme(plot.title = element_text(size = rel(2)), panel.grid.major=element_line(color='grey'), panel.grid.minor=element_line(color='grey', linetype='dashed'), legend.position='bottom', legend.background = element_rect(colour = "black"), strip.text = element_text(size=13, lineheight=2)) 
    } 
    ``` 
    
  • +0

    कृपया अपनी पोस्ट में हमेशा सॉफ्टवेयर संस्करण शामिल करें, और नए रिलीज उपलब्ध होने पर अपने सॉफ़्टवेयर पैकेज अपडेट करें। इसके अलावा, कम से कम पुनरुत्पादित उदाहरण के बिना किसी प्रश्न का उत्तर देना मुश्किल है। –

    +0

    मैं उपयोग कर रहा हूँ RStudio का पूर्वावलोकन रिलीज संस्करण 0.98.894 है। मैंने सभी पैकेज अपडेट किए हैं। साथ ही, एक न्यूनतम प्रतिलिपि बनाने का उदाहरण बनाने के लिए एक ही समस्या को छोटे दस्तावेज़ के साथ बनाने का प्रयास करना है। मैंने कोशिश की लेकिन छोटे दस्तावेजों में कोई समस्या नहीं थी (फ़ाइल आसानी से या बिना 'कैश = TRUE' के बिना बुनाई गई थी)। मैं वास्तव में नहीं जानता कि एमडी फ़ाइल को एचटीएमएल में परिवर्तित करने के लिए वास्तव में क्या रोक रहा है। त्रुटि 97 है। मैंने इसे गुगल किया लेकिन कोई जानकारी नहीं मिली। कृपया गाइड करें। –

    +0

    मैंने पैकेज को फिर से अपडेट किया और अब आर को कोई पैकेज नहीं मिल रहा है! मैं वापस पुराने संस्करण में वापस आ रहा हूँ। यह अब के लिए एकमात्र समाधान प्रतीत होता है। –

    उत्तर

    7

    यह केवल एक टिप्पणी के रूप में काम कर सकते हैं, लेकिन यह मेरे लिए काम किया।

    क्योंकि मैंने मूल रूप से RStudio (0.98.501) के पुराने संस्करण में प्रोजेक्ट और मार्कडाउन दस्तावेज़ बनाया और बाद में पूर्वावलोकन रिलीज पर स्विच किया, मुझे लगता है कि, खंड विकल्पों में आकृति और कैश पथ निर्दिष्ट करना आवश्यक हो गया। तो, मैं निम्नलिखित किया:

    opts_chunk$set(cache=TRUE, cache.path = 'DocumentName_cache/', fig.path='figure/') 
    

    अब, मैं cache=FALSE रखने के लिए HTML को बुनी की जरूरत नहीं है। पूर्वावलोकन रिलीज में, अब मैं आसानी से सामग्री की तालिका बना सकता हूं और विषय बदल सकता हूं।