PostgreSQL तालिका

Question

उपयोग करने के लिए अपनी परियोजनाओं में से एक के लिए मेरे आर कार्यप्रवाह के भाग के रूप आर के माध्यम से किसी अन्य कंप्यूटर से एक SSH सुरंग बनाने, मैं एक PostgreSQL एक रिमोट सर्वर पर स्थित तालिका से डेटा में लोड।

मेरा कोड इस तरह दिखता है (अनामित प्रमाण पत्र)।

मैं पहली बार टर्मिनल में दूरस्थ सर्वर के लिए एक ssh कनेक्शन खोलें।

ssh -p Port -L LocalPort:IP:RemotePort servername" 

मैं तो आर

# Load the RPostgreSQL package 
library("RPostgreSQL") 

# Create a connection 
Driver <- dbDriver("PostgreSQL") # Establish database driver 
Connection <- dbConnect(Driver, dbname = "DBName", host = "localhost", port = LocalPort, user = "User") 

# Download the data 
Data<-dbGetQuery(Connection,"SELECT * FROM remote_postgres_table") 

यह दृष्टिकोण ठीक काम करता है में postgres डेटाबेस से कनेक्ट है, और मैं कोई समस्या नहीं के साथ डेटा डाउनलोड करने के लिए कर रहा हूँ।

हालांकि, मैं पहले कदम करना चाहता हूं - यानी, टर्मिनल की बजाय आर में एसएसएच कनेक्शन बनाना। त्रुटि के साथ, ऐसा करने का मेरा प्रयास यहां दिया गया है।

# Open the ssh connection in R 
system("ssh -T -p Port -L LocalPort:IP:RemotePort servername") 

# Load the RPostgreSQL package 
library("RPostgreSQL") 

# Create a connection 
Driver <- dbDriver("PostgreSQL") # Establish database driver 
Connection <- dbConnect(Driver, dbname = "DBName", host = "localhost", port = LocalPort, user = "User") 

# Download the data 
Data<-dbGetQuery(Connection,"SELECT * FROM remote_postgres_table") 

Error in postgresqlExecStatement(conn, statement, ...) : 
RS-DBI driver: (could not Retrieve the result : server closed the connection unexpectedly 
This probably means the server terminated abnormally 
before or while processing the request. 

मेरे सवाल का स्पष्ट करने के लिए, मैं इस पूरे कार्यप्रवाह आर में पूरी तरह से टर्मिनल में कोई कदम के बिना प्रदर्शन (एक संबंध स्थापित, PostgreSQL डेटा डाउनलोड) करना चाहते हैं।

Answer 1

@ r2evans सुझावों के अनुसार।

##### Starting the Connection ##### 
# Start the ssh connection to server "otherhost" 
system2("ssh", c("-L8080:localhost:80", "-N", "-T", "otherhost"), wait=FALSE) 

आप अपने सर्वर नाम से मेल खाने वाली सभी बोलियों को मैन्युअल रूप से ढूंढकर और टाइप करके प्रक्रिया को मार सकते हैं। चेतावनी दीजिये कि आप केवल इस बाद के संस्करण का उपयोग करना चाहते हैं यदि आप एक अपेक्षाकृत अद्वितीय सर्वर नाम का उपयोग कर रहे हैं जो अन्य प्रक्रियाओं में डुप्लीकेट होने की संभावना नहीं है।

##### Killing the Connection: Manually ##### 
# To end the connection, find the pid of the process 
system2("ps",c("ax | grep otherhost")) 
# Kill pid (x) identified by the previous grep. 
tools::pskill(x) 

##### Killing the Connection: Automatically ##### 
# To end the connection, find the pid of the process 
GrepResults<-system2("ps",c("ax | grep otherhost"),stdout=TRUE) 
# Parse the pids from your grep into a numeric vector 
Processes<-as.numeric(sub(" .*","",GrepResults)) 
# Kill all pids identified in the grep 
tools::pskill(Processes) 

Answer 2

एक विकल्प के आप plinkshell साथ

library(RPostgreSQL) 
drv <- dbDriver("PostgreSQL") 

cmd<- paste0(
    "plink ", 
    # use key and run in background process 
    " -i ../.ssh/id_rsa -N -batch -ssh", 
    # port forwarding 
    " -L 5432:127.0.0.1:5432", 
    # location of db 
    " user@db.com" 
) 

shell(cmd, wait=FALSE) 
# sleep a while before the the connection been established. 
Sys.sleep(5) 

conn <- dbConnect(
    drv, 
    host = "127.0.0.1", 
    port=5432, 
    dbname="mydb", 
    password = "pass" 
) 

dbListTables(conn)