आर 3.2, जीसीसी, और homebrew

Question

मैं हाल ही में BioConductor से एक पैकेज काम कर पाने के आर 3.2 स्थापित करने के लिए जरूरत है, लेकिन बाद मैं स्थापित किया है, मैं निम्नलिखित त्रुटि मिलती है:

[16:16:11 20] $ r 
dyld: Library not loaded: /usr/local/lib/gcc/4.9/libgfortran.3.dylib 
    Referenced from: /usr/local/Cellar/r/3.2.0/R.framework/Versions/3.2/Resources/lib/libR.dylib 
    Reason: image not found 
Trace/BPT trap: 5 

पर्याप्त ज़रूर, काढ़ा करने के लिए स्थापित किया गया था जीसीसी 5 उपयोग करते हैं, तो मैं 4.9 संस्करण

brew switch gcc 4.9 

जो चल आर मिला उपयोग करने के लिए काढ़ा बताया है, लेकिन फिर आर एक पैकेज के बीच में असफल विशेष रूप से स्थापित (होगा जब मैं biocLite('DESeq2') भाग गया।

तब से, मैंने जीसीसी 4.8 स्थापित करने की कोशिश सहित कई चीजों की कोशिश की है (लेकिन मुझे ~/.R/Makevars के माध्यम से भी इसका उपयोग करने के लिए आर नहीं मिल रहा है)। भले ही 4.9 स्थापित नहीं है, आर ऊपर दिखाए गए पथ को कॉल करने पर जोर देता है।

आर की खिड़कियों संस्करण कहने के लिए 4.9 3.2 के साथ काम नहीं करता है लगता है:

R-devel temporarily used a new toolchain based on 4.9.2 gcc, put together by Duncan Murdoch using build scripts written by a contractor. However, there were too many incompatibilities with existing code, and this toolchain will not be used for R 3.2.0. See notes for details on building and testing the new toolchain.

किसी भी मदद की बहुत सराहना की जाएगी!

संपादित:। मैं के रूप में द्वारा @lmw सुझाव स्रोत से स्थापित करने की कोशिश की, है, लेकिन यह विफल रहता है:

[11:27:55 2] $ brew install r --build-from-source 
==> Installing r from homebrew/homebrew-science 
==> Installing r dependency: gcc 
==> Downloading http://ftpmirror.gnu.org/gcc/gcc-5.1.0/gcc-5.1.0.tar.bz2 
######################################################################## 100.0% 
curl: (28) Resolving timed out after 5542 milliseconds 
Trying a mirror... 
==> Downloading https://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-5.1.0/gcc-5.1.0.tar.bz2 
######################################################################## 100.0% 
==> Patching 
patching file gcc/jit/Make-lang.in 
==> ../configure --build=x86_64-apple-darwin14.3.0 --prefix=/usr/local/Cellar/gcc/5.1.0 --libdir=/usr/local/Cellar/gc 
==> make bootstrap 
==> make install 
==> Caveats 
GCC has been built with multilib support. Notably, OpenMP may not work: 
    https://gcc.gnu.org/bugzilla/show_bug.cgi?id=60670 
If you need OpenMP support you may want to 
    brew reinstall gcc --without-multilib 
==> Summary 
    /usr/local/Cellar/gcc/5.1.0: 1351 files, 248M, built in 32.5 minutes 
==> Installing r 
==> Using Homebrew-provided fortran compiler. 
This may be changed by setting the FC environment variable. 
==> Downloading http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.2.0.tar.gz 
######################################################################## 100.0% 
==> Patching 
patching file src/modules/lapack/vecLibg95c.c 
==> ./configure --prefix=/usr/local/Cellar/r/3.2.0_1 --with-libintl-prefix=/usr/local/opt/gettext --enable-memory-pro 
==> make 
** installing vignettes 
** testing if installed package can be loaded 
* DONE (survival) 
make[1]: *** [recommended-packages] Error 2 
make: *** [stamp-recommended] Error 2 

READ THIS: https://git.io/brew-troubleshooting 
If reporting this issue please do so at (not Homebrew/homebrew): 
    https://github.com/homebrew/homebrew-science/issues 

संपादित 2: सिर्फ मनोरंजन के लिए, मैं r स्थापित करने की कोशिश की --build-from-source विकल्प के बिना, और यह काम किया। नीचे मेरा समाधान देखें। (मुझे लगता है कि स्रोत से निर्माण ने gcc 5 अपग्रेड के साथ समस्या को हल कर दिया है, जिसमें चीजें काम कर रही हैं। मैं कोशिश करने जा रहा हूं (चीजें आखिरकार काम कर रही हैं ... इसके साथ क्यों पेंच?), लेकिन मुझे आश्चर्य है कि क्या मैं (, फिर नीचे समाधान देखें) चर रहा ~/.R/Makevars में सेट को दूर कर सकता है।

Answer 1

यह, this commit द्वारा हल किया गया था आर के लिए नए बोतलों के साथ सुनिश्चित करें कि आप brew update और brew upgrade r करें।

Answer 2

स्रोत से आर पुनर्निर्माण मेरे लिए एक ही समस्या का समाधान होता।

काढ़ा को पुनर्स्थापित आर --build-से-स्रोत

Answer 3

यह एक पूर्ण फिक्स नहीं है (यह पुराने जीसीसी संस्करण का उपयोग करता है), लेकिन यह मुझे फिर से चल रहा है:

1. brew tap homebrew/homebrew-versions
2. brew install gcc48
3. brew install r
   • नोट: मैं brew install r --build-from-source भाग गया (पुनः स्थापित काम नहीं किया) है, जो कुछ फिर से बनाया है, लेकिन नहीं r (यह विफल)। यह इस काम के लिए आंशिक रूप से जिम्मेदार हो सकता है। अगर यह है तो कृपया मुझे बताएं! मैं @ एलएमडब्लू क्रेडिट देना चाहता हूं अगर उसका जवाब यही कारण है।

4. संपादित ~/.R/Makevars और जोड़ने के निम्नलिखित लाइनों (पथ संपादित के रूप में आवश्यक):

   CC=/usr/local/Cellar/gcc48/4.8.4/bin/gcc-4.8 
   CXX=/usr/local/Cellar/gcc48/4.8.4/bin/g++-4.8 
   CFLAGS=-std=c99 
   

5. भागो r।

6. (आप BioConductor स्थापित करने के लिए प्रयास कर रहे हैं)

   source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
   biocLite()