PubChem एफ़टीपी डेटा से अणुओं के 2 डी छवियों उत्पन्न

Question

बल्कि क्रॉल PubChem की वेबसाइट के बजाय, मैं अच्छा होना करने के लिए पसंद करते हैं और PubChem एफ़टीपी साइट से स्थानीय स्तर पर छवियों उत्पन्न चाहते हैं:

ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pubchem/specifications/

केवल समस्या यह है कि है मैं ओएसएक्स और लिनक्स तक ही सीमित हूं और मुझे लगता है कि वे अपनी साइट पर 2 डी छवियों को प्रोग्रामेटिक रूप से उत्पन्न करने का तरीका नहीं ढूंढ रहे हैं। इस उदाहरण देखें:

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/6#section=Top

शीर्षक "2 डी संरचना" के अंतर्गत हम इस छवि को यहाँ है:

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/image/imgsrv.fcgi?cid=6&t=l

है यही कारण है कि मैं उत्पन्न करने के लिए कोशिश कर रहा हूँ।

Answer 1

तो मैं भी PubChem लोग ईमेल कर दी और वे इस प्रतिक्रिया के साथ बहुत जल्दी मेरे पास वापस मिल गया:

केवल थोक पहुँच हम छवियों के लिए है डाउनलोड सेवा के माध्यम से है: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pc_fetch/pc_fetch.cgi
आप अनुरोध कर सकते एक समय में 50,000 छवियों तक।

कौन सा बेहतर है की तुलना में मैं उम्मीद कर रहा था, लेकिन अभी भी नहीं अद्भुत के बाद से यह चीजें हैं जो मैं सिद्धांत रूप में स्थानीय रूप से उत्पन्न कर सकता है डाउनलोड करने की आवश्यकता है। तो मैं इस प्रश्न को तब तक खुला कर रहा हूं जब तक कि किसी तरह की आत्मा एक ऐसा करने के लिए ओपन सोर्स लाइब्रेरी लिखती न हो।

संपादित करें:

मैं समझ मैं भी लोगों को कुछ समय की बचत हो सकती है, तो वे एक ही बात कर रहे हैं के रूप में मैं कर रहा हूँ। मैंने चित्रों को डाउनलोड करने के लिए मशीनीकरण पर समर्थित रूबी जेम बनाया है। कृपया अपने सर्वर पर दयालु रहें और केवल वही डाउनलोड करें जो आपको चाहिए।

https://github.com/zachaysan/pubchem

gem install pubchem

Answer 2

आप मैं ChemAxon मारविन (https://www.chemaxon.com/products/marvin/) है, जो शिक्षाविदों के लिए नि: शुल्क है से molconvert का उपयोग कर सुझाव है कि कुछ बॉक्स से बाहर काम कर रहे हैं। इसे कमांड लाइन से आसानी से उपयोग किया जा सकता है और यह बहुत सारे इनपुट और आउटपुट प्रारूपों का समर्थन करता है। तो अपने उदाहरण के लिए यह होगा:

molconvert "png" -s "C1=CC(=C(C=C1[N+](=O)[O-])[N+](=O)[O-])Cl" -o cdnb.png 

निम्न छवि में परिणामी:

यह भी आप इस तरह चौड़ाई, ऊंचाई, गुणवत्ता, पृष्ठभूमि रंग और इतने पर के रूप में मानकों को स्थापित करने के लिए अनुमति देता है ।

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हालांकि, अगर आप एक प्रोग्रामर हैं मैं निश्चित रूप से RDKit की सिफारिश करेंगे। एक कोड फॉलो करता है जो मुस्कान के रूप में दिए गए यौगिकों की एक जोड़ी के लिए छवियां उत्पन्न करता है।

from rdkit import Chem 
from rdkit.Chem import Draw 

ms_smis = [["C1=CC(=C(C=C1[N+](=O)[O-])[N+](=O)[O-])Cl", "cdnb"], 
      ["C1=CC(=CC(=C1)N)C(=O)N", "3aminobenzamide"]] 
ms = [[Chem.MolFromSmiles(x[0]), x[1]] for x in ms_smis] 

for m in ms: Draw.MolToFile(m[0], m[1] + ".svg", size=(800, 800)) 

यह आपको निम्न चित्रों देता है: