मैंने मैक ओएस-एक्स माउंटेन शेर पर इस ट्यूटोरियल का उपयोग करके Rmpi
इंस्टॉल किया है: http://www.stats.uwo.ca/faculty/yu/Rmpi/mac_os_x.htm। मुझे केवल सभी कोरों का उपयोग करने के लिए आरएमपीआई की आवश्यकता है, न कि हार्डवेयर क्लस्टर या इसी तरह की तैनाती के लिए।क्या आरएमपीआई को एक सक्रिय इंटरनेट कनेक्शन की आवश्यकता है?
असल में, सब कुछ ठीक काम करता है लेकिन अब मुझे अनुभव हुआ कि जब भी मेरे पास सक्रिय इंटरनेट कनेक्शन नहीं है (जैसे ट्रेन में बैठना या केवल वायरलेस चालू करना) स्पॉविंग दास विफल हो जाएंगे और मैं सोच रहा हूं कि यह काम करना है या नहीं इस तरह?
> require(Rmpi)
> mpi.spawn.Rslaves(nslaves=2)
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At least one pair of MPI processes are unable to reach each other for
MPI communications. This means that no Open MPI device has indicated
that it can be used to communicate between these processes. This is
an error; Open MPI requires that all MPI processes be able to reach
each other. This error can sometimes be the result of forgetting to
specify the "self" BTL.
Process 1 ([[56132,1],0]) is on host: ABC-MB02
Process 2 ([[56132,2],0]) is on host: ABC-MB02
BTLs attempted: self sm
Your MPI job is now going to abort; sorry.
--------------------------------------------------------------------------
2 slaves are spawned successfully. 0 failed.
[ABC-MB02:53970] 2 more processes have sent help message help-mca-bml-r2.txt/unreachable proc
[ABC-MB02:53970] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help/error messages
तब मेरे सीपीयू का भार सिर्फ 100% तक पहुंच जाता है और अंततः आर सत्र क्रैश हो जाएगा।
कोई विचार मैं इस व्यवहार से कैसे बच सकता हूं? यह मेरा sessionInfo
R version 2.15.2 (2012-10-26)
Platform: x86_64-apple-darwin9.8.0/x86_64 (64-bit)
locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8
attached base packages:
[1] graphics grDevices datasets stats utils methods base
other attached packages:
[1] Rmpi_0.6-3 ggplot2_0.9.3 stringr_0.6.2 reshape2_1.2.2 plyr_1.8
loaded via a namespace (and not attached):
[1] colorspace_1.2-1 dichromat_2.0-0 digest_0.6.3 grid_2.15.2 gtable_0.1.2 labeling_0.1
[7] MASS_7.3-23 munsell_0.4 proto_0.3-10 RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.3 tools_2.15.2
एक मशीन के लिए यह 'समानांतर' पैकेज से 'mclapply' और मित्रों के परिवार के परिवार का उपयोग करने के लिए अक्सर अधिक सुविधाजनक और मेमोरी कुशल होता है; ये स्वतंत्र प्रक्रियाओं को बढ़ाने के बजाए साझा स्मृति और कांटे का उपयोग करते हैं। यह आपके प्रश्न में 'एमपीआई' टैग जोड़ने में भी मदद कर सकता है, क्योंकि यह वास्तव में आर-विशिष्ट नहीं लगता है। –
@MartinMorgan आपकी सलाह के लिए धन्यवाद। समस्या यह है कि मेरे पास वास्तव में नियंत्रण नहीं है कि मैं किस समानांतर लाइब्रेरी का उपयोग करूंगा, क्योंकि कार्यक्षमता अन्य पैकेजों में लागू की गई है जो मैं ('xcms' और 'बायोमंडक्टर से कैमरे' पर निर्माण कर रहा हूं)। ये संकुल बस परीक्षण करते हैं कि यदि 'आरएमपीआई' (पसंदीदा) या 'बर्फ' स्थापित हैं और गणना के रूप में कई कोरों पर गणना को तैनात करते हैं। हालांकि, 'बर्फ' के साथ मैं यहां वर्णित समस्या को बाधित कर सकता हूं लेकिन दूसरों का सामना कर सकता हूं। – Beasterfield
ये पैकेज एक ही समूह से हैं; शायद 'पैकेज डिस्क्रिप्शन (' कैमरे ') को ईमेल रखरखाव करने के लिए ईमेल करें और xcms भी दीर्घकालिक समाधान का कारण बनेंगे? –