pkgdown आर पैकेज build_site फ़ंक्शन निर्भर पैकेज को लोड करने में असमर्थ

Question

मैं आर पैकेज (जिसे आरटीसीजीए कहा जाता है) के लिए सुरुचिपूर्ण और स्थिर मैनुअल पृष्ठ उत्पन्न करने के लिए pkgdown पैकेज का उपयोग कर रहा हूं। मैं आदेशों

> pkgdown::build_site() 
Initialising site ------------------------------------------------------------------------------------- 
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/jquery.sticky-kit.min.js' 
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/link.svg' 
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/pkgdown.css' 
Copying '/home/mkosinski/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/pkgdown/assets/pkgdown.js' 
Building home ----------------------------------------------------------------------------------------- 
Writing '/home/mkosinski/GitHub/RTCGA/docs/index.html' 
Building function reference --------------------------------------------------------------------------- 
Loading RTCGA 
Welcome to the RTCGA (version: 1.5.1). 
trying URL 'http://gdac.broadinstitute.org/runs/stddata__2015_11_01/data/ACC/20151101/gdac.broadinstitute.org_ACC.Merge_mirnaseq__illuminahiseq_mirnaseq__bcgsc_ca__Level_3__miR_gene_expression__data.Level_3.2015110100.0.0.tar.gz' 
Content type 'unknown' length 309876 bytes (302 KB) 
================================================== 
downloaded 302 KB 

Warning: Topics missing from index: RTCGA-package, theme_RTCGA 
Building articles ------------------------------------------------------------------------------------- 
Building article 'RTCGA_Workflow.html' 
Building article 'Web_Applications.html' 

इस कोड RTCGA पैकेज परियोजना के रूट में मूल्यांकन किया है और जानकारी है कि RTCGA लोड किया गया था देता है और प्रलेखन बनाया गया था है निम्न का उपयोग कर जब मैं कोड चलाने वेबसाइट के रूप में स्थिर प्रलेखन निर्माण करने के लिए।

लेकिन मैं अधिकांश पृष्ठों में दस्तावेज में एक बग पाया है - वहाँ कह

Error: package ‘RTCGA’ required by ‘RTCGA.rnaseq’ could not be found

तो उदाहरण में से कोई भी चलाया जा सकता है कोई त्रुटि है। इसके अलावा जब मैं library(RTCGA.rnaseq) चलाने के बाद मैं build_site इस्तेमाल किया मैं अब और

> library(RTCGA) 
> library(RTCGA.rnaseq) 
Error: package ‘RTCGA’ required by ‘RTCGA.rnaseq’ could not be found 

जब मैं नए सत्र में library(RTCGA.rnaseq) चलाने कोई चेतावनी के साथ सामान्य रूप से pkgdown::build_site निर्भर RTCGA पैकेज लोड बुला बिना निर्भर RTCGA पैकेज लोड नहीं कर सकता।

मुझे लगता है कि यह है कि build_site प्रदर्शन, लेकिन मैं उन्हें कैसे और हल करने के लिए कैसे pkgdown पैकेज के उपयोग के साथ उचित स्थिर प्रलेखन का निर्माण करने पर पता नहीं है किसी भी सेटिंग के कारण होता है।

कोई टिप्पणी?

Answer 1

ऐसा लगता है कि मुझे एक बुरा काम मिल गया है। RTCGA सॉफ़्टवेयर पैकेज अपने उदाहरणों में 8 डेटा पैकेज का उपयोग करता है। प्रत्येक डेटा पैकेज को आरटीसीजीए लोड होने की आवश्यकता होती है। pkgdown::build_site()devtools::load_all() का उपयोग करता है जो अजीब तरह से आरटीसीजीए से केवल वस्तुओं को लोड करता है लेकिन उदाहरण के दौरान इस पैकेज को लोड करने की अनुमति नहीं देता है।

मैं

packages_to_remove_RTCGA_from_Depends <- 
    c("RTCGA.clinical", 
    "RTCGA.mutations", 
    "RTCGA.rnaseq", 
    "RTCGA.RPPA", 
    "RTCGA.mRNA", 
    "RTCGA.miRNASeq", 
    "RTCGA.methylation", 
    "RTCGA.CNV") 

sapply(packages_to_remove_RTCGA_from_Depends, function(data_package){ 
    Meta <- readRDS(file.path(.libPaths()[1], data_package, "Meta", "package.rds")) 
    Meta$Depends <- list() 
    saveRDS(Meta, file.path(.libPaths()[1], data_package, "Meta", "package.rds")) 
})