मैं विवरण फ़ाइल के निर्भर, सुझाव और आयात का प्रबंधन करता हूं। और अंत में मैं अपना पैकेज CRAN पर सबमिट करता हूं। लेकिन स्थापना के दौरान पैकेज, यह केवल CRAN के तहत bioconductor पैकेज के लिए जमा किए गए संकुल को स्थापित करता है। इसके अलावा, इसमें मैक ओएस के लिए पैकेज निर्भरता त्रुटि है: check log for Mac OSसीआरएएन पैकेज बायोकॉन्डक्टर पैकेज पर निर्भर करता है त्रुटि
समस्या क्या हो सकती है? और मैं इसे कैसे तय कर सकता हूं?
सधन्यवाद,
कोई व्यवस्था है जिसके द्वारा install.packages() डिफ़ॉल्ट रूप से अनुसंधान में डिफ़ॉल्ट रूप से BioConductor से स्थापित कर सकते हैं (
कम से कम नहीं है, मैं जांच न की हो, तो BIOC यह अनुमति देने के लिए रेपो बुनियादी सुविधाओं है अगर कहा जाता है सही
)।
स्थापित करने के लिए [मार्टिन मॉर्गन (नीचे) जिसमें निर्देश कैसे आर कॉन्फ़िगर करने के लिए इतना है कि install.packages() BioConductor खजाने से स्थापित कर सकते हैं पर पाया जा सकता से टिप्पणी देखें।] एक BioConductor पैकेज एक सामान्य रूप से कार्य करता है:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")
जिसे install.packages() से स्वतंत्र रूप से किया जाना चाहिए।
मैक ओएस एक्स जांच के साथ त्रुटि उस विशेष सर्वर पर संभावित रूप से कॉन्फ़िगरेशन त्रुटि है। जैसा कि @DWin कहते हैं, आपको उस विशेष समस्या की जड़ तक पहुंचने के लिए इसे सीआरएएन के साथ ले जाना चाहिए। मेरे सबसे अच्छे ज्ञान के लिए सीआरएएन को सभी बायोकॉन्डक्टर पैकेज स्थापित करना चाहिए।
के रूप में @ क्रिस केनेडी जवाब पर विचार करना चाहिए, मानक साधनों (और फिर 'install.packages' कार्यों) या 'install.packages (..., repos = biocinstallRepos() द्वारा बायोकॉंडक्टर रिपॉजिटरीज़ का चयन करने के लिए'? SetRepositories' देखें।) 'सीआरएएन (वास्तव में 'getOption (" repos ")') या बायोकॉन्डक्टर से' foo' 'स्थापित करने के लिए बायोक्वांडक्टर पैकेज, या 'biocLite (" foo ")' स्थापित करने के लिए उपरोक्त' स्रोत 'पंक्ति के बाद। –
आपको लगता है कि सीआरएएन इन पैकेजों को स्वचालित रूप से लाने और स्थापित करने में सक्षम होगा। उपयोगकर्ता के दृष्टिकोण से (विशेष रूप से जो आर से पूरी तरह परिचित नहीं हैं), बायोकॉन्डक्टर पैकेज को अलग से स्थापित करने के लिए अप्रत्यक्ष और भ्रमित है। इसके लिए कोई समाधान क्यों नहीं है? – by0
आर 3.0.2 में, निम्न काम करता है:
:setRepositories(ind=1:2)
इस लेखन के समय, मूल्य ind 1 और 8, और निम्न अर्थ के बीच मूल्यों के साथ एक वेक्टर ले जा सकते हैं
1: CRAN
2: BioC software
3: BioC annotation
4: BioC experiment
5: BioC extra
6: Omegahat
7: R-Forge
8: rforge.net
यह सूची setRepositories(graphics=F) पर कॉल करके प्राप्त की जाती है, जो कि रिपॉजिटरीज़ को इंटरैक्टिव रूप से स्थापित करने की अनुमति भी देती है।
यह कहीं भी दर्ज नहीं किया है, लेकिन चाल है कि आप एक पंक्ति है कि अपने DESCRIPTION फ़ाइल में biocViews: कहते हैं जोड़ने है (हाँ, यह एक बृहदान्त्र और उसके बाद कुछ भी सूचीबद्ध करने के लिए कोई ज़रूरत नहीं के साथ समाप्त होता है, आप इसे खाली रख सकते)। फिर आर पैकेज की आवश्यकताओं के लिए जैवंडक्टर भंडार की जांच करने के लिए पता चल जाएगा।
यह आरडी (आर-डेवेल मेलिंग सूची) पर अधिक उचित रूप से पूछा जाएगा। –
मैं यहां @DWin से सम्मान से असहमत हूं; यदि कोई त्रुटि है तो यह सीआरएएन पर है और ऐसी चर्चाएं वहां नहीं हैं और अनदेखा हो रही हैं। सीआरएएन का अपना ईमेल पता है। –
@ गैविन सिम्पसन क्रैन-क्लब का पहला नियम यह है कि आपको सीआरएएन-क्लब के बारे में बात नहीं करनी चाहिए। – hadley