राउनम्स द्वारा मर्ज या गठबंधन

Question

नीचे दिए गए उदाहरण में मेरे पास दो डेटासेट (ज़ेड और ए) हैं। मैं आईएलएमएन संख्याओं द्वारा इन सेटों को मर्ज या गठबंधन करना चाहता हूं। यदि कोई मैच नहीं है, तो एनए भरें।

z <- matrix(c(0,0,1,1,0,0,1,1,0,0,0,0,1,0,1,1,0,1,1,1,1,0,0,0,"RND1","WDR", "PLAC8","TYBSA","GRA","TAF"), nrow=6, 
    dimnames=list(c("ILMN_1651838","ILMN_1652371","ILMN_1652464","ILMN_1652952","ILMN_1653026","ILMN_1653103"),c("A","B","C","D","symbol"))) 

t<-matrix(c("GO:0002009", 8, 342, 1, 0.07, 0.679, 0, 0, 1, 0, 
     "GO:0030334", 6, 343, 1, 0.07, 0.065, 0, 0, 1, 0, 
     "GO:0015674", 7, 350, 1, 0.07, 0.065, 1, 0, 0, 0), nrow=10, dimnames= list(c("GO.ID","LEVEL","Annotated","Significant","Expected","resultFisher","ILMN_1652464","ILMN_1651838","ILMN_1711311","ILMN_1653026"))) 

परिणाम इस तरह होगा:

   [,1]   [,2]   [,3]   [,4] 
GO.ID  "GO:0002009" "GO:0030334" "GO:0015674" NA 
LEVEL  "8"   "6"   "7"   NA 
Annotated "342"  "343"  "350"   NA 
Significant "1"   "1"   "1"   NA 
Expected  "0.07"  "0.07"  "0.07"  NA 
resultFisher "0.679"  "0.065"  "0.065"  NA 
ILMN_1652464 "0"   "0"   "1"   PLAC8 
ILMN_1651838 "0"   "0"   "0"   RND1 
ILMN_1711311 "1"   "1"   "0"   NA 
ILMN_1653026 "0"   "0"   "0"   GRA 

Answer 1

उपयोग match अपने मैट्रिक्स

cbind(t, z[, "symbol"][match(rownames(t), rownames(z))]) 

      [,1]   [,2]   [,3]   [,4] 
GO.ID  "GO:0002009" "GO:0030334" "GO:0015674" NA  
LEVEL  "8"   "6"   "7"   NA  
Annotated "342"  "343"  "350"  NA  
Significant "1"   "1"   "1"   NA  
Expected  "0.07"  "0.07"  "0.07"  NA  
resultFisher "0.679"  "0.065"  "0.065"  NA  
ILMN_1652464 "0"   "0"   "1"   "PLAC8" 
ILMN_1651838 "0"   "0"   "0"   "RND1" 
ILMN_1711311 "1"   "1"   "0"   NA  
ILMN_1653026 "0"   "0"   "0"   "GRA" 

पी एस करने के लिए अपने वांछित वेक्टर वापस जाने के लिए है, तो cbind यह। चेतावनी दीजिये कि t आधार आर फ़ंक्शन है जिसका उपयोग matrices को स्थानांतरित करने के लिए किया जाता है। टी नामक एक चर बनाकर, यह आपके डाउनस्ट्रीम कोड में भ्रम पैदा कर सकता है।

Answer 2

सही लेकिन पास नहीं:

newcol<-sapply(rownames(t), function(rn){z[match(rn, rownames(z)), 5]}) 
cbind(data.frame(t), newcol) 

Answer 3

का उपयोग करते हुए विलय और टीटी के रूप में अपने टी वेक्टर (देखें Andrie के पी एस) का नाम बदलने:

merge(tt,z,by="row.names",all.x=TRUE)[,-(5:8)] 

अब अगर आप मैट्रिक्स के बजाय dataframes साथ काम करेंगे , यह और भी एक पूरी बहुत आसान हो जाएगा:

z <- as.data.frame(z) 
tt <- as.data.frame(tt) 
merge(tt,z["symbol"],by="row.names",all.x=TRUE) 

Answer 4

cbind.fill <- function(x, y){ 
    xrn <- rownames(x) 
    yrn <- rownames(y) 
    rn <- union(xrn, yrn) 
    xcn <- colnames(x) 
    ycn <- colnames(y) 
    if(is.null(xrn) | is.null(yrn) | is.null(xcn) | is.null(ycn)) 
    stop("NULL rownames or colnames") 
    z <- matrix(NA, nrow=length(rn), ncol=length(xcn)+length(ycn)) 
    rownames(z) <- rn 
    colnames(z) <- c(xcn, ycn) 
    idx <- match(rn, xrn) 
    z[!is.na(idx), 1:length(xcn)] <- x[na.omit(idx),] 
    idy <- match(rn, yrn) 
    z[!is.na(idy), length(xcn)+(1:length(ycn))] <- y[na.omit(idy),] 
    return(z) 
} 

Answer 5

आप

mbind<-function(...){ 
Reduce(function(x,y){cbind(x,y[match(row.names(x),row.names(y)),])}, list(...)) 
} 

यहाँ एक सामान्य समारोह में -Andrie जवाब लपेट कर सकते हैं, आप के रूप में कुंजी