एनए में आरए में एक अभ्यास डेटासेट में काम करता है लेकिन वास्तविक डेटा

Question

पर लागू होने पर चेतावनी संदेश मेरे पास R में एक डेटासेट है जो दिखता है, और जैसा कि निम्न उदाहरण के रूप में उसी तरह से बदल दिया गया है। उद्देश्य कुछ और करने के लिए लागू नहीं मान चालू करने के लिए है (उदाहरण के लिए "FALSE" या "0") तो एक नया स्तंभ

ortho.test<-data.frame(rep("a",10));colnames(ortho.test)=("ODB6") 
ortho.test$FBGN=c("FBgn0132258","FBgn0131535","FBgn0138769","FBgn01561235","FBgn0316645","FBgn874916","FBgn5758641","FBgn5279946","FBgn67543154","FBgn2451645") 
ortho.test$Species=c("DROME","DROSI","DROSE","DROAN","DROYA","DROPS","DROPE","DROVI","DROGR","DROWI") 

ortho<-reshape(ortho.test,direction="wide",idvar="ODB6",timevar="Species") 
ortho$FBGN.DROME<-NA 
is.na(ortho) 

जो एक वेक्टर रिटर्न बनाने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है जो मुझे सब लेकिन FBGN.DROME कह कर रहे हैं गलत निम्नलिखित str के साथ() उत्पादन:

> str(ortho) 
'data.frame': 1 obs. of 11 variables: 
$ ODB6  : Factor w/ 1 level "a": 1 
$ FBGN.DROME: logi NA 
$ FBGN.DROSI: chr "FBgn0131535" 
$ FBGN.DROSE: chr "FBgn0138769" 
$ FBGN.DROAN: chr "FBgn01561235" 
$ FBGN.DROYA: chr "FBgn0316645" 
$ FBGN.DROPS: chr "FBgn874916" 
$ FBGN.DROPE: chr "FBgn5758641" 
$ FBGN.DROVI: chr "FBgn5279946" 
$ FBGN.DROGR: chr "FBgn67543154" 
$ FBGN.DROWI: chr "FBgn2451645" 
- attr(*, "reshapeWide")=List of 5 
    ..$ v.names: NULL 
    ..$ timevar: chr "Species" 
    ..$ idvar : chr "ODB6" 
    ..$ times : chr "DROME" "DROSI" "DROSE" "DROAN" ... 
    ..$ varying: chr [1, 1:10] "FBGN.DROME" "FBGN.DROSI" "FBGN.DROSE" "FBGN.DROAN" ... 

मैं करने के लिए 0

ortho[is.na(ortho)]<-0 
is.na(ortho) 

जो एक वेक्टर मुझे बता सब अब झूठे हैं रिटर्न मेरी एनए बदल - एक सफलता क्योंकि अब मैं एसी बना सकते हैं ifelse() का उपयोग करने के लिए ओलम() का उपयोग करने के लिए किसी भी कॉलम में पंक्तियों में से कोई 0 या FALSE (या जो भी टेक्स्ट लेबल मैं उपयोग करता हूं) ...

हालांकि, जब मैं इसे पूर्ण उड़ा डेटाफ्रेम पर लागू करता हूं एनए के परिवर्तित नहीं करते हैं और मैं निम्नलिखित चेतावनी

> ortho[is.na(ortho)]<-0 
There were 12 warnings (use warnings() to see them) 
> warnings() 
Warning messages: 
1: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(62938L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
2: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(67667L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
3: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(122384L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
4: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(136498L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
5: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(84764L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
6: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(162734L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
7: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(33586L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
8: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(38959L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
9: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(149363L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
10: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(846L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
11: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(98228L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 
12: In `[<-.factor`(`*tmp*`, thisvar, value = structure(c(110267L, ... : 
    invalid factor level, NAs generated 

हो और इस str() आउटपुट है

> str(ortho) 
    'data.frame': 17217 obs. of 13 variables: 
    $ ODB6  : Factor w/ 17217 levels "EOG60023J","EOG60023K",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... 
    $ FBGN.DROGR: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 62938 54687 54705 56261 52591 58895 52161 52477 59180 53404 ... 
    $ FBGN.DROMO: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 67667 65117 65951 66506 68291 71722 73134 68667 72523 76080 ... 
    $ FBGN.DROVI: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 122384 121133 120018 121674 NA 125620 123754 123969 127130 130755 ... 
    $ FBGN.DROWI: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 136498 136809 139642 137108 NA 141689 136363 137237 135869 132801 ... 
    $ FBGN.DROPE: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 84764 78121 81229 80829 85509 82276 79001 80267 77133 87679 ... 
    $ FBGN.DROPS: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 162734 158625 162203 158653 158028 22427 158179 13830 19898 160874 ... 
    $ FBGN.DROAN: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 33586 35261 35694 23649 33601 25796 33808 33861 25917 29992 ... 
    $ FBGN.DROER: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 38959 41203 40738 39865 38807 46087 38821 44982 47952 38091 ... 
    $ FBGN.DROYA: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 149363 153417 153106 152243 149654 147146 149664 149482 147635 144838 ... 
    $ FBGN.DROME: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 846 7219 6958 162946 525 1892 125 3510 163839 10111 ... 
    $ FBGN.DROSE: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 98228 94438 94153 102953 98068 95380 98082 92553 93497 95950 ... 
    $ FBGN.DROSI: Factor w/ 164289 levels "FBgn0000008",..: 110267 108223 107983 107246 110164 117494 116973 110504 106459 NA ... 
    - attr(*, "reshapeWide")=List of 5 
     ..$ v.names: NULL 
     ..$ timevar: chr "Species" 
     ..$ idvar : chr "ODB6" 
     ..$ times : Factor w/ 12 levels "DROAN","DROER",..: 3 5 10 11 6 7 1 2 12 4 ... 
     ..$ varying: chr [1, 1:12] "FBGN.DROGR" "FBGN.DROMO" "FBGN.DROVI" "FBGN.DROWI" ... 
    > 

तुम मुझे परीक्षण एक किया था की तरह साथ खेलने के लिए मुख्य dataframe प्राप्त करने में मदद कर सकते हैं ? (पीएस - मुझे पता है कि मैं यह प्राप्त करने जा रहा हूं "यह एक डुप्लिकेट है, सहायता पृष्ठों को पढ़ें और ठीक से खोजें" प्रतिक्रिया - लेकिन मैंने खोज की है, मुझे पता चला है कि एनए की जगह कैसे बदलें, और मुझे कोई नहीं मिला इसी मुद्दे के साथ।)

Answer 1

आपके पास कारक समस्या है। आप अपने वास्तविक डेटा सेट को देखें, तो आप

Factor w/ 164289 levels ..... 

उदाहरण के लिए ध्यान देंगे,

R> x = factor(c("A", "B")) 
R> x[x=="A"] = 0 
Warning message: 
In `[<-.factor`(`*tmp*`, x == "A", value = 0) : 
    invalid factor level, NAs generated 

आप एक स्तर के रूप में 0 जोड़ने की जरूरत है। तो कुछ ऐसा:

x = factor(x, levels=c(levels(x), 0)) 
x[is.na(x)] = 0 

चाल चलाना चाहिए। हालांकि, डेटा में पढ़ने के तरीके को बदलने के लिए एक बेहतर रणनीति होगी। उदाहरण के लिए,

read.table(filename, stringsAsFactors=FALSE) 

Answer 2

जिनके डेटा फ़ाइल को पढ़ने से नहीं आते हैं। data.frame के प्रत्येक स्तंभ परिवर्तित इस लूप (लागू काम नहीं है, क्योंकि यह एक मैट्रिक्स में एक data.frame धर्मान्तरित) के साथ किया जा सकता है:

for (k in 1:ncol(data)){ 
    data[[k]] <- as.character(data[[k]]) 
} 

और फिर इस question का समाधान लागू करता है, तो स्तर समाधान नहीं करता है काम नहीं करता