Question

मैं आदेश

install.packages('RNetCDF',lib='/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/',configure.args="--with-netcdf-include='/home/my_computer/bin/libs4cdo-0.0.10/netcdf-4.2/include/' --with-netcdf-lib='/home/my_computer/local/bin' --with-hdf5-lib='/home/my_computer/local/lib/' --with-udunits-include='/usr/local/lib/' --with-udunits-lib='/usr/local/lib/'",repos='http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran/') 

साथ अपने लैपटॉप (Ubuntu 12.04) पर RNetCDF पैकेज स्थापित करने के लिए कोशिश कर रहा हूँ, लेकिन पैकेज स्थापित नहीं होंगे। जब मैं

sudo R CMD INSTALL --libary='/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/' --configure-args="--with-netcdf-include='/home/my_computer/bin/libs4cdo-0.0.10/netcdf-4.2/include/' --with-netcdf-lib='/home/my_computer/local/lib/' --with-hdf5-lib='/home/my_computer/local/lib/' --with-udunits-include=/usr/local/lib/ --with-udunits-lib=/usr/local/lib/" /home/my_computer/Downloads/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz 

के साथ प्रयास त्रुटि संदेश के साथ

Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
unable to load shared object '/usr/local/lib/R/site-library/RNetCDF/libs/RNetCDF.so': 
    libnetcdf.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory 

libnetcdf.so.7 बदल दिया जाता है

trying URL 'http://star-www.st-andrews.ac.uk/cran/src/contrib/RNetCDF_1.6.1-2.tar.gz' 
Content type 'application/x-gzip' length 70301 bytes (68 Kb) 
opened URL 
================================================== 
downloaded 68 Kb 

* installing *source* package ‘RNetCDF’ ... 
** package ‘RNetCDF’ successfully unpacked and MD5 sums checked 
checking for gcc... gcc -std=gnu99 
checking for C compiler default output file name... a.out 
checking whether the C compiler works... yes 
checking whether we are cross compiling... no 
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o 
checking whether we are using the GNU C compiler... yes 
checking whether gcc -std=gnu99 accepts -g... yes 
checking for gcc -std=gnu99 option to accept ISO C89... none needed 
checking for nc_open in -lnetcdf... yes 
checking for utInit in -ludunits2... no 
checking for utScan in -ludunits2... yes 
checking how to run the C preprocessor... gcc -std=gnu99 -E 
checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep 
checking for egrep... /bin/grep -E 
checking for ANSI C header files... yes 
checking for sys/types.h... yes 
checking for sys/stat.h... yes 
checking for stdlib.h... yes 
checking for string.h... yes 
checking for memory.h... yes 
checking for strings.h... yes 
checking for inttypes.h... yes 
checking for stdint.h... yes 
checking for unistd.h... yes 
checking netcdf.h usability... yes 
checking netcdf.h presence... yes 
checking for netcdf.h... yes 
checking udunits.h usability... yes 
checking udunits.h presence... yes 
checking for udunits.h... yes 
configure: creating ./config.status 
config.status: creating R/load.R 
config.status: creating src/Makevars 
** libs 
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -I/usr/local/lib/ -I/home/bauduinm/bin/libs4cdo-0.0.10/netcdf-4.2/include/  -fpic -O3 -pipe -g -c RNetCDF.c -o RNetCDF.o 
gcc -std=gnu99 -shared -o RNetCDF.so RNetCDF.o -ludunits2 -lnetcdf -L/home/my_computer/local/lib/ -L/usr/local/lib/ -L/home/my_computer/local/bin -lexpat -L/usr/lib/R/lib -lR 
installing to /home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/RNetCDF/libs 
** R 
** preparing package for lazy loading 
** help 
*** installing help indices 
** building package indices ... 
** testing if installed package can be loaded 
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
unable to load shared object '/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/RNetCDF /libs/RNetCDF.so': 
libexpat.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory 
Error: loading failed 
Execution halted 
ERROR: loading failed 
* removing ‘/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/RNetCDF’ 

The downloaded packages are in 
‘/tmp/Rtmpl5MniY/downloaded_packages’ 
Warning message: 
In install.packages("RNetCDF", lib = "/home/my_computer/RSCRIPTS/R_LIB/", : 
    installation of package ‘RNetCDF’ had non-zero exit status 

/home/my_computer/local/lib/ में निश्चित रूप से है जो भी मेरी LD_LIBRARY_PATH है: नीचे दिए गए संदेश देखें । माना जाता है कि libexpat.so.0, जो पहले त्रुटि संदेश (install.packages के साथ) में से एक है, इंटेल संबंधित फ़ोल्डरों में स्थित है जो ऐसा नहीं लगता कि उनके पास netcdf पुस्तकालयों के साथ कुछ भी नहीं है।

क्या कोई मुझे प्रबुद्ध कर सकता है?

धन्यवाद।

संपादित करें: ठीक है, मुझे कभी पता नहीं चलेगा कि क्या हुआ क्योंकि जब मैंने 3 दिनों बाद ठीक उसी install.packages कमांड लाइन के साथ कोशिश की तो पैकेज बिना किसी समस्या के स्थापित किया गया ... तो मेरी एकमात्र सलाह है जिसके पास हो सकता है एक ही समस्या आर से लॉग आउट करना और फिर से शुरू करना है, बस सत्र में कुछ पिछली गलतियों लॉग में बने रहे।

Answer 1

--no-test-loadR CMD INSTALL जोड़ने का प्रयास करें, यह इंस्टॉल के दौरान त्रुटि से बच जाएगा।

फिर जांचें कि क्या आप सामान्य आर सत्र में पैकेज लोड कर सकते हैं (library(RNetCDF) के साथ)। इस त्रुटि 'साझा वस्तु लोड करने में असमर्थ' की वजह से विफल रहता है:

1. जांच करता है, तो आर के साथ Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
2. ldd /usr/local/lib/R/site-library/RNetCDF/libs/RNetCDF.so के उत्पादन में देखते हैं और देखते हैं कि क्या libnetcdf.so.7 हल हो गई है अपने $ LD_LIBRARY_PATH का उपयोग करता है रास्ता है कि आर के LD_LIBRARY_PATH में

BTW शामिल किया गया है, मैं कोई समस्या नहीं libnetcdf कि उबंटू के साथ आता है का उपयोग कर RNetCDF स्थापित करने के लिए किया था (apt-मिल स्थापित libnetcdf-देव [संस्करण 4.1.1]); जब तक आपको निश्चित रूप से libnetcdf के संस्करण 4.2 की आवश्यकता नहीं है, तो आप इसे आजमा सकते हैं।