प्लॉट भारित आवृत्ति मैट्रिक्स

Question

यह सवाल दो अलग अलग सवाल से संबंधित है कि मैंने पहले कहा है:

:

1) Reproduce frequency matrix plot

2) Add 95% confidence limits to cumulative plot

मैं आर में इस भूखंड पुन: पेश करना चाहते हैं

ग्राफ़िक के नीचे कोड का उपयोग करके मुझे यह मिल गया है:

#Set the number of bets and number of trials and % lines 
numbet <- 36 
numtri <- 1000 
#Fill a matrix where the rows are the cumulative bets and the columns are the trials 
xcum <- matrix(NA, nrow=numbet, ncol=numtri) 
for (i in 1:numtri) { 
x <- sample(c(0,1), numbet, prob=c(5/6,1/6), replace = TRUE) 
xcum[,i] <- cumsum(x)/(1:numbet) 
} 
#Plot the trials as transparent lines so you can see the build up 
matplot(xcum, type="l", xlab="Number of Trials", ylab="Relative Frequency", main="", col=rgb(0.01, 0.01, 0.01, 0.02), las=1) 

मेरा प्रश्न है: एकाधिक नमूनों को साजिश किए बिना, मैं एक पास में शीर्ष साजिश को पुन: पेश कैसे कर सकता हूं?

धन्यवाद।

Answer 1

आप इस साजिश का उत्पादन कर सकते हैं ...

... इस कोड का उपयोग करके:

boring <- function(x, occ) occ/x 

boring_seq <- function(occ, length.out){ 
    x <- seq(occ, length.out=length.out) 
    data.frame(x = x, y = boring(x, occ)) 
} 

numbet <- 31 
odds <- 6 
plot(1, 0, type="n", 
    xlim=c(1, numbet + odds), ylim=c(0, 1), 
    yaxp=c(0,1,2), 
    main="Frequency matrix", 
    xlab="Successive occasions", 
    ylab="Relative frequency" 
    ) 

axis(2, at=c(0, 0.5, 1))  

for(i in 1:odds){ 
    xy <- boring_seq(i, numbet+1) 
    lines(xy$x, xy$y, type="o", cex=0.5) 
} 

for(i in 1:numbet){ 
    xy <- boring_seq(i, odds+1) 
    lines(xy$x, 1-xy$y, type="o", cex=0.5) 
} 

Answer 2

तुम भी Koshke की विधि का उपयोग कर सकते हैं, करने के लिए मूल्यों के संयोजन को सीमित करके एस < 6 और एंड्री के अनुरोध पर उन लोगों ने "पॉइंट" कॉन्फ़िगरेशन प्राप्त करने के लिए Ps $ n और ps $ s के अंतर पर शर्त जोड़ा।

ps <- ldply(0:35, function(i)data.frame(s=0:i, n=i)) 
plot.new() 
plot.window(c(0,36), c(0,1)) 
apply(ps[ps$s<6 & ps$n - ps$s < 30, ], 1, function(x){ 
    s<-x[1]; n<-x[2]; 
    lines(c(n, n+1, n, n+1), c(s/n, s/(n+1), s/n, (s+1)/(n+1)), type="o")}) 
axis(1) 
axis(2) 
lines(6:36, 6/(6:36), type="o") 
# need to fill in the unconnected points on the upper frontier 

Answer 3

भारित आवृत्ति मैट्रिक्स भी स्थिति भार मैट्रिक्स (जैव सूचना विज्ञान में) कहा जाता है। इसे sequence logo के रूप में प्रदर्शित किया जा सकता है। कम से कम मैं भारित आवृत्ति मैट्रिक्स कैसे प्लॉट करता हूं।

library(cosmo) 
data(motifPWM); attributes(motifPWM) # Loads a sample position weight matrix (PWM) containing 8 positions. 
plot(motifPWM) # Plots the PWM as sequence logo.