मैं एनएसम्बल आईडी को आर में जीन प्रतीक में कैसे परिवर्तित कर सकता हूं?

Question

मेरे पास एक कॉलम में एन्सेबल आईडी युक्त डेटा.फ्रेम है; मैं उस कॉलम के मानों के लिए संबंधित जीन प्रतीकों को ढूंढना चाहता हूं और उन्हें अपने डेटा फ्रेम में एक नए कॉलम में जोड़ना चाहता हूं। मैंने बायोमार्ट का उपयोग किया लेकिन यह एन्सेबल आईडी में से कोई भी नहीं मिला!

यहाँ मेरी नमूना डेटा (df[1:2,]) है:

row.names organism gene 
41 Homo-Sapiens ENSP00000335357 
115 Homo-Sapiens ENSP00000227378 

और मैं इस

row.names organism gene   id 
41 Homo-Sapiens ENSP00000335357 CDKN3 
115 Homo-Sapiens ENSP00000227378 HSPA8 

की तरह कुछ प्राप्त करना चाहते हैं और यहाँ मेरे कोड है: मैं तो

library('biomaRt') 
mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl")) 
genes <- df$genes 
df$id <- NA 
G_list <- getBM(filters= "ensembl_gene_id", attributes= c("ensembl_gene_id", 
"entrezgene", "description"),values=genes,mart= mart) 

जब मैं G_list

जांचता हूं तो इसे प्राप्त करें

[1] ensembl_gene_id entrezgene  description <0 rows> (or 0-length row.names) 

तो मैं अपने डीएफ में G_list नहीं जोड़ सका! क्योंकि जोड़ने के लिए कुछ भी नहीं है!

अग्रिम धन्यवाद,

Answer 1

इसका कारण यह है मानों आप अपने gene स्तंभ में है जीन आईडी नहीं हैं, वे पेप्टाइड आईडी (वे ENSP के साथ शुरू) कर रहे हैं। अपनी आवश्यक जानकारी प्राप्त करने के लिए, ensembl_peptide_id द्वारा ensembl_gene_id की जगह का प्रयास करें:

:

G_list <- getBM(filters= "ensembl_peptide_id", attributes= c("ensembl_peptide_id", "entrezgene", "description"),values=genes,mart= mart)

इसके अलावा, आप वास्तव में क्या देख रहे hgnc_symbol

यहाँ कुल कोड अपने उत्पादन प्राप्त करने के लिए है

library('biomaRt') 
mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl")) 
genes <- df$genes 
df<-df[,-4] 
G_list <- getBM(filters= "ensembl_peptide_id", attributes= c("ensembl_peptide_id","hgnc_symbol"),values=genes,mart= mart) 
merge(df,G_list,by.x="gene",by.y="ensembl_peptide_id")