आर और एचडीएफ 5 समस्याएं

मैं आर में एक hdf5 लोड करने और कुछ समस्याओं में चलने की कोशिश कर रहा हूं। एक्स 10,6आर और एचडीएफ 5 समस्याएं

आर 2.10.0 (64) मैक ओएस पर
HDF5 1.8.3
hdf5_1.6.9.tar.gz से macports के माध्यम से स्थापित: ये कदम उठाएँ मैं अपने वातावरण को कॉन्फ़िगर करने लग गए हैं सीआरएएन

मुझे संदेह है कि मैं एचडीएफ 5 के अपने संस्करण में असंगतताओं से संबंधित समस्या और एक आर मॉड्यूल की अपेक्षा करता हूं। - साथ-HDF5

आर सीएमडी इन्सटाल --configure-वार्स = 'CPPFLAGS = मैं/opt/स्थानीय/शामिल' --configure-आर्ग = ': पूर्णता के लिए यहां कैसे मैं आर मॉड्यूल स्थापित है =/opt/local 'hdf5_1.6.9.tar.gz

यह ठीक बनाता है। पुस्तकालय मुद्दे के बिना लोड करने के लिए लगता है, लेकिन कोई डेटा नहीं दिया जाता है जब मैं एक फ़ाइल को लोड करने का प्रयास करें:

पुस्तकालय (HDF5)

hdf5load ("test.h5")

शून्य

फिर भी,

OSX: डेटा स्कॉट $ h5dump test.h5 HDF5 "test.h5" { ग्रुप "/" { डाटासेट "dset" { डेटाप्रकार H5T_STD_I32LE DATASPACE सरल {(31)/(31)} आंकड़े { (0): 1, 2, 4, 8, 16, 32, 64, 128 , 256, 512, 1024, 2048, 4096, 8192, (14): 16384, 32768, 65536, 131072, 262144, 524288, 1048576, 20 9 7152, (22): 4194304, 8388608, 16777216, 33554432, 67108864, 134217728 , (28): 268,435,456, 536,870,912, १०७३७४१८२४ } } } }

किसी भी विचार?

अग्रिम धन्यवाद।

स्रोत

2009-11-12 Anonymous

यह आपके प्रश्न का उत्तर नहीं देता है, लेकिन मैं बस इंगित करता हूं कि आर 2.10 पर मैक बिल्ड विफल रहा: http://www.r-project.org/nosvn/R.check/r-release-macosx-ix86 /hdf5-00check.html। – Shane

यह सच है, लेकिन यह कम कारण प्रदान करता है कि निर्माण विफल क्यों हुआ। मैंने इसे मैन्युअल रूप से त्रुटियों या चेतावनियों के बिना बनाया है ... –

संरक्षक ध्वनि के बिना, आप सुनिश्चित हैं कि hdfload सही निर्देशिका में देख रहा है, है ना? मैं उस तरह की चीज के साथ कई बार एक क्रॉपर आया हूँ। –

hdfload() में तर्क का प्रयोग करें और ls() का उपयोग करके अपने पर्यावरण की जांच करें। hdfload() का दुष्प्रभाव है, यह वर्तमान वातावरण में टेबल लोड करता है, NULL डिफ़ॉल्ट वापसी मान है।

load:: एक तार्किक मान आप तर्क load=TRUE वस्तुओं नामांकित सूची के घटक के रूप में वापस कर रहे हैं का उपयोग करते हैं। यदि 'गलत', ऑब्जेक्ट्स को नामित सूची के घटकों के रूप में वापस कर दिया जाता है। यदि 'TRUE' (डिफ़ॉल्ट), ऑब्जेक्ट्स को अपने नामों के साथ अलग-अलग चर के रूप में लोड किया जाता है - फ़ंक्शन इस मामले में कुछ भी नहीं देता है।

मेरे मैक पर सब कुछ एक ही सेटअप के साथ अच्छी तरह से काम करता है।

R> rm(list=ls()) 
R> ls() 
character(0) 
R> hdf5load("TestHDF5.h5", verbosity=3) 
hdf5_global_verbosity=3 load=1 
Processing object: Dataset0 ...... its a dataset...Dataset has ID335544326 
Dataset has tid 201326902 
Dataset has space id 268435467 
Dataset has rank 1 
Dataset has dims/maxdims: 1/1 
Allocating vector with rank=1 dim=1 
calling vector_io. Hangs here with big datsets 
Setting buffer size in plist 
About to read with bufsize = 50 
in string_ref: count=1, size=25 srcbf=25 
leaving string_ref 
Done read 
in vector_io: permuting 
in vector_io: tidying 
Phew. Done it. calling iinfo->add 
Rank > 1 or not VECSXP 
Calling hdf5_load_attributes 
back from hdf5_load_attributes 
...Finished dataset 
Processing object: Table0 ...... its a dataset...Dataset has ID335544327 
Dataset has tid 201326906 
Dataset has space id 268435468 
Dataset has rank 1 
Dataset has dims/maxdims: 1/1 
Dataset has type = VECSXP and rank 1 
Reading... 
....done 
in string_ref: count=1, size=25 srcbf=25 
leaving string_ref 
...Finished dataset 
NULL 
R> ls() 
[1] "Dataset0" "Table0"

स्रोत

2009-11-14 01:21:24 rcs

आप CRAN पर h5r पैकेज भी आज़मा सकते हैं। यह पैकेज नई एचडीएफ 5 पुस्तकालयों का उपयोग करता है और hdf5 लाइब्रेरी की तुलना में अधिक कार्यक्षमता प्रदान करता है।

स्रोत

2011-04-18 21:54:20 jimmyb

यह सीआरएएन पर प्रतीत नहीं होता है, इसे [आर-फोर्ज] पर पाया गया है (http://r-forge.r-project.org/projects/h5r /) –

हां, इसके बारे में खेद है। यह आर-फोर्ज पर है। आर-फोर्ज सीआरएएन पर चीजें पाने के लिए कार्यक्षमता प्रदान करता था, लेकिन मुझे नहीं पता कि यह कहां गया। – jimmyb

आर और एचडीएफ 5 समस्याएं

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