roxygen2

Question

के साथ डेटासेट दस्तावेज मैं roxygen2 का उपयोग कर आर पैकेज में कुछ डेटासेट दस्तावेज़ करने का प्रयास कर रहा हूं। बस ध्यान में रखते हुए इनमें से किसी एक:

• मैं mypkg/data/CpG.human.GRCh37.RDa
• जो एक वस्तु CpG.human.GRCh37

• कहा जाता है और एक फ़ाइल कहा जाता है: mypkg/R/cpg-data.R, जो शामिल हैं:

  #' @name CpG.human.GRCh37 
  #' @title CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19 
  #' @description This data set list the genomic locations of human CpG islands, 
  #' with coordinates based on the GRCh37/hg19 genome build. 
  #' @docType data 
  #' @usage CpG.human.GRCh37 
  #' @format a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island. 
  #' @source UCSC Table Browser 
  #' @author Mark Cowley, 2012-03-05 
  #' @export 
  NULL 
  

जब मैं roxygenize, यह mypkg/man/CpG.human.GRCh37.Rd बनाया गया है, जिसमें:

\docType{data} 
    \name{CpG.human.GRCh37} 
    \alias{CpG.human.GRCh37} 
    \title{CpG islands - human - genome build: GRCh37/hg19} 
    \format{a \code{RangedData} instance, 1 row per CpG island.} 
    \source{ 
     UCSC Table Browser 
    } 
    \description{ 
     This data set list the genomic locations of human CpG 
     islands, with coordinates based on the GRCh37/hg19 
     genome build. 
    } 
    \author{ 
     Mark Cowley, 2012-03-05 
    } 
    \usage{CpG.human.GRCh37} 
    \keyword{datasets} 

और export(CpG.human.GRCh37)NAMESPACE फ़ाइल को जोड़ा जाता है।

लेकिन जब मैं R CMD CHECK मैं:

... 
** testing if installed package can be loaded 
Error in namespaceExport(ns, exports) : 
    undefined exports: CpG.human.GRCh37 
Error: loading failed 
... 

कहीं मैं, आर बताया जहां इस डेटासेट लगता है, हालांकि मुझे लगता है यह होगा कि mypkg/data/<name>.RDa एक अच्छा पहला अनुमान हो जाएगा। कोई भी संकेत शानदार होगा।

यदि हैडली की देखरेख है, तो मुझे लगता है कि एक \ उपयोग अनुभाग नहीं बनाया गया है और @usage निर्देश को अनदेखा किया गया है।

मैं roxygen-2.2.2 का उपयोग कर रहा, आर 2.13.1

Answer 1

इस पर आवश्यक 2 फिक्स:

1. रूप Writing R extensions 1.1.5, Data in packages में बताया गया है, .rda बजाय के रूप में वस्तुओं को बचाने के .RDa
2. निकालें @export Roxygen