स्कैटरप्लॉट में साजिश बिंदु बनाने के लिए कोई तरीका आर में अधिक पारदर्शी है?

Question

मेरे पास 3 कॉलम मैट्रिक्स है; प्लॉट कॉलम 1 और कॉलम 2 मानों के आधार पर अंक द्वारा बनाए जाते हैं, लेकिन कॉलम 2 (6 अलग-अलग समूहों) के आधार पर रंगीन होते हैं। मैं सभी बिंदुओं को सफलतापूर्वक साजिश कर सकता हूं, हालांकि, आखिरी साजिश समूह (समूह 6) जिसे रंग बैंगनी सौंपा गया था, अन्य समूहों के भूखंडों को मुखौटा करता है। क्या साजिश बिंदु अधिक पारदर्शी बनाने का कोई तरीका है?

s <- read.table("/.../parse-output.txt", sep="\t") 
dim(s) 
[1] 67124  3 
x <- s[,1] 
y <- s[,2] 
z <- s[,3] 
cols <- cut(z, 6, labels = c("pink", "red", "yellow", "blue", "green", "purple")) 
plot(x, y, main= "Fragment recruitment plot - FR-HIT", ylab = "Percent identity", xlab = "Base pair position", col = as.character(cols), pch=16) 

Answer 1

अन्यथा, आप पैकेज scales में समारोह alpha है, जिसमें आप कर सकते हैं सीधे इनपुट रंग (भले ही वे अपने उदाहरण के रूप में कारक हैं) के अपने वेक्टर:

library(scales) 
cols <- cut(z, 6, labels = c("pink", "red", "yellow", "blue", "green", "purple")) 
plot(x, y, main= "Fragment recruitment plot - FR-HIT", 
    ylab = "Percent identity", xlab = "Base pair position", 
    col = alpha(cols, 0.5), pch=16) 
# For an alpha of 0.5, i. e. a transparency of 50%. 

Answer 2

आप कुछ मतलब यह ?: तरह

plot(1:10, col=rgb(1, 0, 0, 0.5), pch=16) 
points((1:10)+0.05, col=rgb(0, 0, 1, 0.5), pch=16) 

कृपया जानकारी के लिए ?rgb दिखाई दे रही है।

Answer 3

यदि आप ggplot2 का उपयोग करने का निर्णय लेते हैं, तो आप alpha तर्क का उपयोग कर ओवरलैपिंग पॉइंट की पारदर्शिता सेट कर सकते हैं।

उदा।

library(ggplot2) 
ggplot(diamonds, aes(carat, price)) + geom_point(alpha = 1/40) 

Answer 4

पारदर्शिता में कोडित किया जा सकता है रंग तर्क भी। यह केवल दो और हेक्स संख्या 0 (पूरी तरह से पारदर्शी) और 255 (पूरी तरह से दृश्यमान) के बीच एक पारदर्शिता कोडिंग है। मैंने एक बार रंगीन वेक्टर में पारदर्शिता जोड़ने के लिए इस समारोह को लिखा था, शायद यह उपयोगी है?

addTrans <- function(color,trans) 
{ 
    # This function adds transparancy to a color. 
    # Define transparancy with an integer between 0 and 255 
    # 0 being fully transparant and 255 being fully visable 
    # Works with either color and trans a vector of equal length, 
    # or one of the two of length 1. 

    if (length(color)!=length(trans)&!any(c(length(color),length(trans))==1)) stop("Vector lengths not correct") 
    if (length(color)==1 & length(trans)>1) color <- rep(color,length(trans)) 
    if (length(trans)==1 & length(color)>1) trans <- rep(trans,length(color)) 

    num2hex <- function(x) 
    { 
    hex <- unlist(strsplit("ABCDEF",split="")) 
    return(paste(hex[(x-x%%16)/16+1],hex[x%%16+1],sep="")) 
    } 
    rgb <- rbind(col2rgb(color),trans) 
    res <- paste("#",apply(apply(rgb,2,num2hex),2,paste,collapse=""),sep="") 
    return(res) 
} 

कुछ उदाहरण:

जैसे:

cols <- sample(c("red","green","pink"),100,TRUE) 

# Fully visable: 
plot(rnorm(100),rnorm(100),col=cols,pch=16,cex=4) 

# Somewhat transparant: 
plot(rnorm(100),rnorm(100),col=addTrans(cols,200),pch=16,cex=4) 

# Very transparant: 
plot(rnorm(100),rnorm(100),col=addTrans(cols,100),pch=16,cex=4) 

Answer 5

आप हेक्स कोड का उपयोग कर रहे हैं, तो आप अल्फ़ा चैनल का प्रतिनिधित्व करने के कोड के अंत में दो और अंक जोड़ सकते हैं आधा पारदर्शिता लाल:

plot(1:100, main="Example of Plot With Transparency") 
lines(1:100 + sin(1:100*2*pi/(20)), col='#FF000088', lwd=4) 
mtext("use `col='#FF000088'` for the lines() function")