ggplot2 कई तराजू/किंवदंतियों प्रति सौंदर्य, पुनरीक्षित

Question

मेरे पास एक उदाहरण है जहां मैं ggplot का उपयोग कर अनुक्रम संरेखण के कई गुणों को हाइलाइट करना चाहता हूं। मैं geom_tile का उपयोग कर रहा हूं और दो स्कोर गुणों के लिए अलग-अलग रंगीन टाइल्स के दो सेट रखना चाहता हूं। मैं केवल एक को देखने में सक्षम हूं।

मुझे प्रति स्केल प्रति सौंदर्य (and the logic behind it) की सीमा के बारे में पता है, लेकिन हो सकता है कि किसी को यह पता चल जाए कि इस तरह के मामलों के लिए इसे कैसे हैक करना है, जहां एक 'साजिश' में अलग-अलग रंग स्केल होने का अर्थ होगा।

शायद मैन्युअल Grobs को जोड़ने के साथ

, लेकिन मैं नहीं जानता कि जहां शुरू करने के लिए ...

एक अतिरिक्त प्रश्न: किसी कारण override.aes=list(shape = "A") काम नहीं करता है के लिए, किसी भी विचार क्यों?

एक और: टाइल के आकार (या दूसरी तरफ) के अनुपात में आनुपातिक रूप से पाठ स्केल करने की कोई विधि?

library(ggplot2) 
library(grid) 

pd = data.frame(
    letters = strsplit("AGTGACCGACTATCATAGTGACCCAGAATCATAGTGACCGAGTATGAT", "")[[1]], 
    species = rep(c("Human", "Armadillo", "Porcupine"), each=16), 
    x  = rep(1:16, 3), 
    change = c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0, 
       0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,0,0,0,0,0, 
       0,0,0,0,0,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0), 
    score1 = c(0,0,0,0,0,0,1,1,2,2,2,3,3,3,4,3, 
       0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0, 
       0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0), 
    score2 = c(0,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0, 
       0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0, 
       0,0,0,0,3,3,3,3,0,0,0,0,0,0,0,0) 
) 


ggplot(pd[pd$score1 != 0,], aes(x=x, y=species)) + 
    coord_fixed(ratio = 1.5, xlim=c(0.5,16.5), ylim=c(0.5, 3.5)) + 
    geom_tile(aes(fill=score1)) + 
    scale_fill_gradient2("Score 1", limits=c(0,4),low="#762A83", mid="white", high="#1B7837", guide=guide_colorbar(title.position="top")) + 
    geom_text(data=pd, aes(label=letters, color=factor(change)), size=rel(5), family="mono") + 
    scale_color_manual("Change", values=c("black", "#F2A11F"), labels=c("None", "Some"), guide=guide_legend(direction="vertical", title.position="top", override.aes=list(shape = "A"))) + 
    theme(panel.background=element_rect(fill="white", colour="white"), 
     axis.title = element_blank(), 
     axis.ticks.y = element_blank(), 
     axis.text.y = element_text(family="mono", size=rel(2)), 
     axis.text.x = element_text(size=rel(0.7)), 
     legend.text = element_text(size=rel(0.7)), 
     legend.key.size = unit(0.7, "lines"), 
     legend.position = "bottom", legend.box = "horizontal") + 
    ggtitle("What about Score2?") 

Answer 1

मैं दो अलग-अलग जेनरेट किए गए भूखंडों से ग्रब्स को जोड़कर संतोषजनक परिणाम प्राप्त करने में कामयाब रहा। मुझे यकीन है कि समाधान अलग Grob सूचकांक समायोजित करने के लिए बेहतर सामान्यीकृत किया जा सकता है कि मैं पर विचार किया है हूँ ...

library(ggplot2) 
library(grid) 

pd = data.frame(
    letters = strsplit("AGTGACCGACTATCATAGTGACCCAGAATCATAGTGACCGAGTATGAT", "")[[1]], 
    species = rep(c("Human", "Armadillo", "Porcupine"), each=16), 
    x  = rep(1:16, 3), 
    change = c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0, 
       0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,0,0,0,0,0, 
       0,0,0,0,0,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0), 
    score1 = c(0,0,0,0,0,0,1,1,2,2,2,3,3,3,4,3, 
       0,0,0,0,0,0,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0, 
       0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0), 
    score2 = c(0,0,0,0,1,1,1,1,0,0,0,0,0,0,0,0, 
       0,0,0,0,2,2,2,2,0,0,0,0,0,0,0,0, 
       0,0,0,0,3,3,3,3,0,0,0,0,0,0,0,0) 
) 


p1=ggplot(pd[pd$score1 != 0,], aes(x=x, y=species)) + 
    coord_fixed(ratio = 1.5, xlim=c(0.5,16.5), ylim=c(0.5, 3.5)) + 
    geom_tile(aes(fill=score1)) + 
    scale_fill_gradient2("Score 1", limits=c(0,4),low="#762A83", mid="white", high="#1B7837", guide=guide_colorbar(title.position="top")) + 
    geom_text(data=pd, aes(label=letters, color=factor(change)), size=rel(5), family="mono") + 
    scale_color_manual("Change", values=c("black", "#F2A11F"), labels=c("None", "Some"), guide=guide_legend(direction="vertical", title.position="top", override.aes=list(shape = "A"))) + 
    theme(panel.background=element_rect(fill="white", colour="white"), 
     axis.title = element_blank(), 
     axis.ticks.y = element_blank(), 
     axis.text.y = element_text(family="mono", size=rel(2)), 
     axis.text.x = element_text(size=rel(0.7)), 
     legend.text = element_text(size=rel(0.7)), 
     legend.key.size = unit(0.7, "lines"), 
     legend.position = "bottom", legend.box = "horizontal") + 
    ggtitle("Voila, the Score2!") 

p2=ggplot(pd[pd$score2 != 0,], aes(x=x, y=species)) + 
    coord_fixed(ratio = 1.5, xlim=c(0.5,16.5), ylim=c(0.5, 3.5)) + 
    geom_tile(aes(fill=score2)) + 
    scale_fill_gradient2("Score 2", limits=c(0,3),low="#1B7837", mid="white", high="#762A83", guide=guide_colorbar(title.position="top")) + 
    geom_text(data=pd, aes(label=letters, color=factor(change)), size=rel(5), family="mono") + 
    scale_color_manual("Change", values=c("black", "#F2A11F"), labels=c("None", "Some"), guide=guide_legend(direction="vertical", title.position="top", override.aes=list(shape = "A"))) + 
    theme(panel.background=element_rect(fill="white", colour="white"), 
     axis.title = element_blank(), 
     axis.ticks.y = element_blank(), 
     axis.text.y = element_text(family="mono", size=rel(2)), 
     axis.text.x = element_text(size=rel(0.7)), 
     legend.text = element_text(size=rel(0.7)), 
     legend.key.size = unit(0.7, "lines"), 
     legend.position = "bottom", legend.box = "horizontal") + 
    ggtitle("What about Score2?") 


p1g=ggplotGrob(p1) 
p2g=ggplotGrob(p2) 

combo.grob = p1g 

combo.grob$grobs[[8]] = cbind(p1g$grobs[[8]][,1:4], 
           p2g$grobs[[8]][,3:5], 
           size="first") 

combo.grob$grobs[[4]] = reorderGrob(
          addGrob(p1g$grobs[[4]], 
            getGrob(p2g$grobs[[4]], 
              "geom_rect.rect", 
              grep=TRUE)), 
          c(1,2,5,3,4)) 
grid.newpage() 
grid.draw(combo.grob) 

Answer 2

मैं score2 यह दर्शाता है के लिए पाठ का आकार का प्रयोग करेंगे:

ggplot(pd[pd$score1 != 0,], aes(x=x, y=species)) + 
    coord_fixed(ratio = 1.5, xlim=c(0.5,16.5), ylim=c(0.5, 3.5)) + 
    geom_tile(aes(fill=score1)) + 
    scale_fill_gradient2("Score 1", limits=c(0,4),low="#762A83", mid="white", high="#1B7837", guide=guide_colorbar(title.position="top")) + 
    geom_text(data=pd, aes(label=letters, size = score2, color=factor(change)), family="mono") + 
    scale_size_continuous(range = c(4, 8)) + 
    scale_color_manual("Change", values=c("black", "#F2A11F"), labels=c("None", "Some"), guide=guide_legend(direction="vertical", title.position="top", override.aes=list(shape = "A"))) + 
    theme(panel.background=element_rect(fill="white", colour="white"), 
     axis.title = element_blank(), 
     axis.ticks.y = element_blank(), 
     axis.text.y = element_text(family="mono", size=rel(2)), 
     axis.text.x = element_text(size=rel(0.7)), 
     legend.text = element_text(size=rel(0.7)), 
     legend.key.size = unit(0.7, "lines"), 
     legend.position = "bottom", legend.box = "horizontal") + 
    ggtitle("What about Score2?") 

UPDATED:

यहां एक त्वरित हैक है, मैं कर रहा हूँ सुनिश्चित नहीं है कि यह दृष्टिहीन निरीक्षण करना आसान है हालांकि ...

library(ggplot2) 
library(grid) 
library(proto) 

GeomTile2 <- proto(ggplot2:::GeomTile, { 
    reparameterise <- function(., df, params) { 
    df <- .$.super$reparameterise(df, params) 
    if (params$ud == "u") 
     transform(df, ymin = y) 
    else 
     transform(df, ymax = (y-ymin)*0.8 + ymin, ymin = (y-ymin)*0.2 + ymin) 
    } 
    draw <- function(..., ud) {.$.super$draw(..., ud)} 
}) 
geom_tile2 <- function (mapping = NULL, data = NULL, stat = "identity", position = "identity", ..., ud = "u") { 
    GeomTile2$new(mapping = mapping, data = data, stat = stat, position = position, ..., ud = ud) 
} 

ggplot(pd, aes(x=x, y=species)) + 
    coord_fixed(ratio = 1.5, xlim=c(0.5,16.5), ylim=c(0.5, 3.5)) + 
    geom_tile2(aes(fill=score1), ud = "u") + 
    geom_tile2(aes(fill = score2), ud = "d") + 
    scale_fill_gradient2("Score 1", limits=c(0,4),low="#762A83", mid="white", high="#1B7837", guide=guide_colorbar(title.position="top")) + 
    geom_text(data=pd, aes(label=letters, color=factor(change)), size=rel(5), family="mono") + 
    scale_color_manual("Change", values=c("black", "#F2A11F"), labels=c("None", "Some"), guide=guide_legend(direction="vertical", title.position="top", override.aes=list(shape = "A"))) + 
    theme(panel.background=element_rect(fill="white", colour="white"), 
     axis.title = element_blank(), 
     axis.ticks.y = element_blank(), 
     axis.text.y = element_text(family="mono", size=rel(2)), 
     axis.text.x = element_text(size=rel(0.7)), 
     legend.text = element_text(size=rel(0.7)), 
     legend.key.size = unit(0.7, "lines"), 
     legend.position = "bottom", legend.box = "horizontal") + 
    ggtitle("What about Score2?") 

ऊपरी आधा score2 के लिए है, जबकि कम score1 इंगित करता है।