आर: सेंटरिंग heatmap.2 कुंजी (gplots पैकेज)

Question

मैं 0 पर केंद्रित रंगीन कुंजी के साथ heatmap.2() कमांड के माध्यम से एक हीटमैप बनाना चाहता हूं (यानी सफेद रंग -> 0, लाल -> अधिक 0 से अधिक, नीला -> 0 से कम) स्केल = "कोई नहीं" रखते हुए, क्योंकि मुझे वास्तविक मानों का एक हीटमैप प्लॉट करने में रूचि है। लेकिन, मेरा हीटमैप के सभी निम्न पंक्ति का उपयोग कर पर शून्य पर केंद्रित नहीं कर रहे हैं:

library(gplots) 
outputHeatmap <- heatmap.2(heatmapInputActual, dendrogram="none", Rowv=FALSE, 
    Colv=FALSE, col= bluered(256), scale="none", key=TRUE, density.info="none", 
    trace="none", cexRow=0.125, cexCol=0.125, symm=FALSE, symkey=TRUE) 

मैंने सोचा था कि आदेश symkey का उपयोग कर = सही काम करेगा, लेकिन ऐसा नहीं है। वेरिएबल जो मैं कोशिश कर रहा हूं वह संख्यात्मक मानों का एक (एन एक्स 3) मैट्रिक्स है। ऊपर वर्णित heatmap.2() कमांड में एक समस्याग्रस्त इनपुट निम्नानुसार है:

8.408458 5.661144 0.00000000 
4.620846 4.932283 -0.46570468 
-4.638912 -3.471838 -0.12146109 
-4.822829 -3.946024 0.06403327 
3.948832 4.520447 -0.31945941 

आपके समय के लिए धन्यवाद। मैं आपके उत्तरों की प्रतीक्षा करता हूं।

Answer 1

यह समाधान आपके heatmap.2 पर symbreaks जोड़ रहा है।

library(gplots) 
#read your example data 
heatmapInputActual <- read.table(textConnection(
"8.408458 5.661144 0.00000000 
4.620846 4.932283 -0.46570468 
-4.638912 -3.471838 -0.12146109 
-4.822829 -3.946024 0.06403327 
3.948832 4.520447 -0.31945941 
"),as.is=TRUE) 
#convert sample data to matrix 
heatmapInputActual <- as.matrix(heatmapInputActual) 
#just add symbreaks to the end of your code 
heatmap.2(heatmapInputActual, dendrogram="none", Rowv=FALSE, Colv=FALSE, 
      col = bluered(256), scale="none", key=TRUE, density.info="none", 
      trace="none", cexRow=0.125, cexCol=0.125, symm=F,symkey=T,symbreaks=T)