xtable में कॉक्स रिग्रेशन आउटपुट - पंक्तियों/कॉलम चुनना और आत्मविश्वास अंतराल

Question

मैं एक कॉक्स रिग्रेशन से आउटपुट को उस तालिका में निर्यात करने के लिए नहीं चाहता जिसे मैं अपने लेख में डाल सकता हूं। मैं इसके बारे में जाने के लिए सबसे अच्छा तरीका लगता है xtable साथ है:

library(survival) 
data(pbc) 
fit.pbc <- coxph(Surv(time, status==2) ~ age + edema + log(bili) + 
    log(protime) + log(albumin), data=pbc) 

summary(fit.pbc) 
library(xtable) 
xtable(fit.pbc) 

अब मैं उत्पादन के लिए निम्न कार्य करना चाहते हैं:

• 95% की विश्वास अंतराल (सीआई) जोड़े
• करें कुछ पंक्तियाँ, का कहना है कि उम्र और लॉग (protime)
• exp (बी) दौर & सीआई तीन दशमलव के
• z & नियमित coef साथ स्तंभ निकालें

अग्रिम धन्यवाद!

Answer 1

मैं इस बात पर पहली बार देखता हूं कि survival पैकेज उस तालिका को बनाता है जो इसे डिफ़ॉल्ट रूप से प्रिंट करता है।

समारोह है कि कि मुद्रण करता है खोजने के लिए, अपने फिट वस्तु के वर्ग की जांच, और फिर उस वर्ग के लिए एक प्रिंट विधि के लिए देखो करने के लिए:

class(fit.pbc) 
# [1] "coxph" 
grep("coxph", methods("print"), value=TRUE) 
# [1] "print.coxph"   "print.coxph.null" 
# [3] "print.coxph.penal" "print.summary.coxph" 

print.coxph पर एक नज़र लेने के बाद, यहाँ मैं क्या आया है साथ:

cox <- fit.pbc 

# Prepare the columns 
beta <- coef(cox) 
se <- sqrt(diag(cox$var)) 
p <- 1 - pchisq((beta/se)^2, 1) 
CI <- round(confint(cox), 3) 

# Bind columns together, and select desired rows 
res <- cbind(beta, se = exp(beta), CI, p) 
res <- res[c("age", "log(protime)"),] 

# Print results in a LaTeX-ready form 
xtable(res) 

Answer 2

xtable(round(summary(fit.pbc)$conf.int[c(1,3),],3)) 
#-----------------------------# 
% latex table generated in R 2.13.1 by xtable 1.5-6 package 
% Sat Oct 15 18:36:04 2011 
\begin{table}[ht] 
\begin{center} 
\begin{tabular}{rrrrr} 
    \hline 
& exp(coef) & exp(-coef) & lower .95 & upper .95 \\ 
    \hline 
age & 1.04 & 0.96 & 1.02 & 1.06 \\ 
    log(bili) & 2.37 & 0.42 & 2.02 & 2.79 \\ 
    \hline 
\end{tabular} 
\end{center} 
\end{table} 

इससे पता चलता है कि आप सारांश-वस्तु पर str के साथ क्या देख

+०१२३५१६४१०६

str(summary(fit.pbc)) 
# snipped 
$ conf.int : num [1:5, 1:4] 1.0404 2.4505 2.3716 10.8791 0.0815 ... 
    ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 
    .. ..$ : chr [1:5] "age" "edema" "log(bili)" "log(protime)" ... 
    .. ..$ : chr [1:4] "exp(coef)" "exp(-coef)" "lower .95" "upper .95"