2014-06-13 5 views
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में मिश्रित मॉडल के लिए चेतावनी संदेश को समझें मैंने विभिन्न स्थानों (कोशिकाओं/निवास) में मछलियों के अधिग्रहण की संभावना का अनुमान लगाने के लिए lme4 पैकेज में मिश्रित प्रभाव लॉजिस्टिक रिग्रेशन मॉडल बनाया है और चलाया है। डेटा फ्रेम में 68 व्यक्तिगत मछली के 1,207,140 अवलोकन शामिल हैं। प्रत्येक व्यक्ति के लिए (प्रत्येक दिन ~ 1 वर्ष के लिए) यह सभी स्थानों पर होने वाली घटनाओं की कुल संख्या के सापेक्ष प्रत्येक अद्वितीय स्थान पर होने वाली घटनाओं की संख्या का वर्णन करता है।आर lme4

यहाँ बेस मॉडल है:

m.base = glmer(cbind(N,t.move-N) ~ jdate + snSurface.Area + Restoration..P.A. +  
    Release.Location+ Sex + (1|Station) + (0 + jdate|ID), data=allfishdat, family=binomial) 
where N=# unique positions, t.move=total positions, jdate=julian date, Station=locations, ID=fish ID 

मैं निम्न चेतावनी संदेश मिलता है:

Warning messages: 
1: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : 
       Model failed to converge with max|grad| = 3349.26 (tol = 0.001) 
2: In if (resHess$code != 0) { : 
the condition has length > 1 and only the first element will be used 
3: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : 
Model is nearly unidentifiable: very large eigenvalue 
- Rescale variables?;Model is nearly unidentifiable: large eigenvalue ratio 
- Rescale variables? 

मैं समझने के लिए इन संदेशों को क्या मतलब है और मॉडल पर उनके प्रभाव की कोशिश करने के लिए खोज कुछ किया है, लेकिन अभी तक चेतावनियों को समझ में नहीं आया है।

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आप कह सकते हैं क्या आप पहले से ही देखा है, और यदि आप करते क्या और समझ में नहीं आता? क्या आपने https://github.com/lme4/lme4/blob/master/README.md पढ़ा है? http://stackoverflow.com/questions/23814130/glmer-model-from-early-2013-warning-message-about-convergence-when-re-running-i/23839952#23839952? http://stackoverflow.com/questions/21344555/convergence-error-for-development-version-of-lme4? –

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टक्कर। यह मदद करेगा यदि आप कह सकते हैं कि आपके पास क्या है और समझ में नहीं आया है - मुझे मदद करने में खुशी है, लेकिन पहले से बाहर की गई जानकारी दोहराने की तरह महसूस नहीं कर रहा है ... –

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टक्कर टक्कर ..... –

उत्तर

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यदि पहली समस्या को आर के साथ करना है तो अभिसरण तक पहुंचने के लिए अधिक पुनरावृत्तियों के माध्यम से जाने की आवश्यकता है, नीचे दिया गया कोड मदद कर सकता है। '20000' को बदलें, जो भी अधिकतम पुनरावृत्ति संख्या आपके विशिष्ट मॉडल के लिए समझ में आता है। (ध्यान दें कि अपने मूल मॉडल कोड अंत में संशोधित किया गया है 'नियंत्रण = my.control' शामिल करने के लिए।)

my.control=lmerControl(optCtrl=list(maxfun=20000); my.control 

m.base = glmer(cbind(N,t.move-N) ~ jdate + snSurface.Area + Restoration..P.A. + Release.Location+ Sex + (1|Station) + (0 + jdate|ID), data=allfishdat, family=binomial, control = my.control) 

यह भी आप के लिए निम्न आदेश के साथ अपने वर्तमान lmeControls समीक्षा करने के लिए उपयोगी हो सकता है:

str(lmerControl()) 

इसके अलावा, यह पिछले जवाब आपके लिए उपयोगी साबित हो सकता है: increase iterations for new version of lmer?

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मैं नहीं ' यहां अपर्याप्त पुनरावृत्तियों के बारे में चेतावनियों का कोई सबूत नहीं है। उदाहरण के लिए, 'लाइब्रेरी (lme4); एफएम 1 <- लामर (प्रतिक्रिया ~ दिन + (दिन | विषय), नींद, नियंत्रण = lmerControl (optCtrl = सूची (maxfun = 5)) 'स्पष्ट रूप से बताता है "अधिकतम संख्या में फ़ंक्शन मूल्यांकन पार हो गए", जो मैं ऊपर नहीं देखता । –